1950初，巢湖专员公署初辖7县1市。同年3月，三河市并入肥西县。
巢县辖槐林、烔黄、新民、新城、柘黄、银屏、中苔7区，计95乡（缜）。
无为县辖无城、新民、龙桥、河坝、开城、姚沟、襄安、白茆、汤沟、蜀山、湖陇、尚礼、牛埠、石涧、严桥15区，计130乡（镇）。
庐江县辖城关、罗埠、裴岗、矾山、沙溪、乐桥、柯坦、汤池、金牛、石山、盛桥、水上（后改白湖）等12区、79个乡（镇）。
和县辖沈家巷、姥桥、新桥、历阳、娘望、濮集、乌江、善厚8个区，计95个乡（镇）。
含山县辖城关、仙踪、陶厂、东林、运漕5个区，计63个乡（镇）。
1965年7月，巢湖专员公署建置恢复，辖巢县、无为、庐江、和县、含山、肥东6县。
巢县辖城关、柘皋、夏阁、黄山、烔炀、黄麓、槐林、银屏8个区，城关、柘皋两直属镇，计42个人民公社。
无为县辖汤沟、陡沟、白茆、虹桥、襄安、牛埠、蜀山、开城、石涧、严桥10个区、无城直属镇，计71个人民公社。
庐江县辖城关、汤池、金牛、白山、盛桥、缺口、泥河、乐桥8个区，75个人民公社。
和县辖沈巷、姥桥、新桥、西埠、乌江、石杨6个区及历阳直属镇，城南、城北两个直属人民公社，计35个人民公社。
含山县辖清溪、林头、环峰、铜城闸、仙踪5个区，运漕直属镇，计20个人民公社。
1983年，全区撤销人民公社管理委员会，恢复乡镇建置。区划调整如下：
巢县辖城郊、柘皋、夏阁、黄山、烔炀、黄麓、槐林、银屏8个区，计3个镇46个乡。
无为县辖襄安、虹桥、蜀山、石涧、开城、严桥、汤沟、牛埠、白茆、陡沟10个区，计无城、襄安、二坝3个直属镇73个乡（镇）。
庐江县辖城关、汤池、金牛、白山、盛桥、缺口、泥河、乐桥8个区，城关直属镇，计66个公社、8个乡。是时，因该县撤社建乡正在进行，故社、乡体制并存。
和县辖环城、沈巷、姥桥、乌江、石杨、西埠、新桥7个区，历阳、西梁山两直属镇，计38个乡（镇）。
含山县辖林头、铜闸、清溪、环峰、仙踪5个区，环峰、运漕两直属镇，计22个乡（镇）。
1990年，全区辖1市4县，计39个区、12个直属镇，37个乡级镇，212个乡，4个街道办事处。
巢湖市辖7个区、2个直属镇、8个乡级镇、36个乡、4个街道办事处。
柘皋区辖柘皋乡、分路乡、板桥乡、山而山乡、庙岗乡、方集乡。
黄麓区辖桐荫镇、中庙镇、花塘乡、临湖乡、建麓乡。
黄山区辖苏湾镇、黄山乡、司集乡、青岗乡、鲁桥乡、拦杆乡、柳集乡、赵集乡。
烔炀区辖烔炀镇、中垾乡、烔炀乡、岐阳乡、花集乡、凤凰乡、庙集乡。
夏阁区辖夏阁镇、独山乡、下汤乡、沿河乡。银屏区辖散兵镇、岱山乡、钓鱼乡、银屏乡、秀芙乡。
城郊区辖半汤乡、亚父乡、望城乡、东方红乡、环城乡。
直属镇为城关镇、柘皋镇。
街道办事处为朝阳办事处、卧牛办事处、城北办事处、城南办事处。
无为县辖10个区、3个直属镇、16个乡级镇、61个乡。
严桥区辖严桥镇、古楼乡、尚礼乡、响山乡、徐岗乡、红庙乡。
开城区辖开城镇、羊山乡、赫店乡、苏塘乡、先锋乡、六店乡、宏林乡、宝山乡。
蜀山区辖蜀山镇、关河乡、百胜乡、鹤毛乡、郑河乡、建国乡、泉塘乡、黄姑乡。
牛埠区辖牛埠镇、土桥镇、洪巷乡、汪田乡、昆山乡、练溪乡、湖陇乡、民权乡。
石涧区辖石涧镇、仓头镇、黄雒镇、黄龙乡、太平乡、天花乡、福路乡。
襄安区辖刘渡镇、金鸡乡、吉祥乡、沈马乡、得胜乡、爱国乡、虹桥乡。
陡沟区辖陡沟镇、田桥乡、周闸乡、长坝乡、凤凰桥乡、赵坝乡、忠台乡、河坝乡。
泥汊区辖泥汊镇、姚沟镇、高沟乡、神塘乡、三溪乡、十里墩乡。
白茆区辖江坝乡、红旗乡、六洲乡、黑沙洲乡、新沟乡、五洲乡。
汤沟区辖汤沟镇、三汊河乡、马渡乡、雍南乡、水楼乡。直属镇为无城镇（代管官镇乡、檀树乡、凤河乡），襄安镇，二坝镇（代管蛟矶乡、长安乡）。
庐江县辖8个区，2个直属镇、7个乡级镇、66个乡
城关区辖晨江乡、马厂乡、移湖乡、迎松乡、罗埠乡、庐北乡、冶山乡。
汤池区辖汤池镇、果树乡、马槽乡、石桥乡、长冲乡、水关乡、岳庙乡。
金牛区辖金牛镇、石头乡、芮岗乡、梁山乡、郭河乡、三塘乡、福元乡、广寒乡、牛首乡。
白山区辖白山镇、同春乡、金沈乡、戴桥乡、新河乡、黄道乡、南闸乡、北闸乡、古圩乡、新渡乡、常丰乡。
盛桥区辖盛桥镇、盛桥乡、石山乡、七里乡、东岳乡、许桥乡、五里乡、魏岗乡、田埠乡。
缺口区辖缺口镇、邓湖乡、裴岗乡、顺港乡、杨柳乡、黄屯乡、砖桥乡、天桥乡、夹板乡。
泥河区辖泥河镇、七桥乡、罗河乡、店桥乡、洋河乡、天井乡、盔头乡、沙溪乡、胜岗乡。
乐桥区辖乐桥镇、金桥乡、乐桥乡、大化乡、桂元乡、小墩乡、城池乡、陈埠乡、柯坦乡、葛庙乡。
直属镇为城关镇、矾山镇（辖双凤乡）。
和县辖7个区、2个直属镇、2个乡级镇、35个乡。
环城区辖城南乡、城北乡、十里乡、戚镇乡。
沈巷区辖沈巷镇、雍镇乡、黄渡乡、八角乡、五显乡、螺百乡、黄山寺乡。
姥桥区辖白桥乡、隐驾乡、联合乡、郑蒲乡、姥桥乡、大闸乡。
新桥区辖后港乡、前塘乡、长建乡、南义乡、新塘乡。
西埠区辖西埠乡、腰埠乡、范桥乡、孙堡乡、娘娘庙乡。
乌江区辖乌江镇、香泉乡、濮陈乡、濮集乡、张家集乡。
石杨区辖善厚乡、陶店乡、高关乡、金城乡、绰庙乡。
本区金城乡内，另有老姜、泉水黄、茅家3自然村属江苏省江浦县管辖。
直属镇为历阳镇，西梁山镇。
含山县辖6个区、3个直属镇、8个乡级镇、16个乡。
环峰区辖褒山乡、张公乡、东山乡、九连乡。
运漕区辖黄墩乡、海口乡。
铜闸区辖铜闸镇、陶厂镇、长岗乡、关镇乡。
林头区辖林头镇、张疃乡、福山乡。
清溪区辖清溪镇、钜兴乡、半湖乡。
仙踪区辖仙踪镇、姚庙乡、骆集乡、谢集乡、昭关乡。
直属镇为环峰镇、运漕镇、东关镇。
县境东山乡内，另有花山粘土矿区属马鞍山市管辖。