新中国成立初期，本县卫生工作由贵池县人民政府文教科代管。1952年，成立贵池县人民政府卫生科，设科长1人，科员2人。1969年，贵池县革命委员会所属生产指挥组下设卫生小组。1971年2月，撤销卫生小组，成立贵池县革命委员会卫生局。1981年，改称贵池县人民政府卫生局。
1988年，贵池县卫生局内设医防股、计财股、人秘股。所属二级机构有：县医院、县防疫站、县血防站、县妇幼保健站、县中医院；派出机构有爱国卫生运动委员会办公室、公费医疗管理委员会办公室。