清咸丰三年正月甲子(1853年2月26日)夜，太平军水军从长江顺流过池州，直逼府城。府、县官吏弃城逃走，太平军穿城而过，东下南京。5月19日，太平军在春官正丞相胡以晃，夏官副丞相赖河英率领下，溯江而上，6月攻占贵池，搜集粮饷器械后，弃城西进。7月，太平军石祥祯、韦志俊等率军进援江西。中旬，再克池州，城西铁佛寺毁于兵火，不久，太平军离城而去。11月，西征军回援杨州，进抵池州。太平军水师从清溪河口驶入，在百牙山与清军激战，破城而入，清军开西门逃窜，24日太平军离城东下。
咸丰四年(1854年)四月，太平军再占池州，并在李阳河拦江矶到荷叶洲沿江筑营垒驻兵，在殷汇秋浦河东立大营，在池口架浮桥与乌沙地区相连。自咸丰五年至咸丰十年，清军多次攻打驻守贵池的太平军，发生大小战斗数十次。咸丰六年，清水师总兵李德麟率军携带火炮攻下荷叶洲，以此为据点，攻打太平军沿江营垒。由于清军火炮威力较大，太平军水师战船大都被击沉，清军攻占了李阳河一带的太平军营垒。
咸丰九年(1859年)，池州太平军守将韦志俊降清，并派遣部将古隆贤攻打芜湖的太平军，而古隆贤却联合驻青阳、铜陵的太平军杨辅清部回师贵池，与清军在流坡矶大战一个多月，打死清军千总、外委各一名，咸丰十年一月卅日，太平军夺回贵池城。四月，清军为切断驻安庆、桐城太平军与江南的联系，从水陆两路进攻贵池。清水师总兵李成谋率优势水军攻占乌沙夹，焚毁池口秋浦河的浮桥。韦志俊亦配合清军从石埭发兵，连下泥湾、灌口和殷汇镇，太平军退守河东大营。五月，河东大营失陷，清军围攻池州城，太平军守将齐天福、杨又青、丞相朱贵方战死。
咸丰十一年(1８61年)九月八日，清军攻下安庆，次日派大军顺流而下直扑池州。九日，太平军撤出贵池。