明清之际，寿州州署工房管理工商与市场，而业户捐资请领引贴(证照)与纳税，则由户房经办。民国初，改州为县，废六房，实业局为工商管理机关；16年(公元1927年)，实业局改制为建设局，仍管工商事务；抗战军兴，县府增设社会科，接管工商行政。中华人民共和国成立，县工商税务局兼管工商行政。1950年3月起，工商管理与税务分立，县人民政府设工商科主管工商行政。1956年3月，工商科划分为工业、商业两科，以加强对私营工商业的社会主义改造。1957年5月，商业科改制为局。时私营工商业的所有制改造已初步定型，工商管理工作由工业科、手工业管理科、商业局(管城镇私商改造与市场)、供销合作总社(管农村私商改造与集市贸易)、粮食局(管粮油市场与加工复制业)5家分别负责。是年10月，为统一协调加强市场管理，促进对私改造，县人民委员会成立市场管理委员会，县长兼管委主任，有关部门负责人为成员，设办公室于商业局；各区镇亦相继成立市场管理委员会。
1962年12月，中共寿县委员会成立对私改造(资改)领导组，下设办公室，旨在加强对工商业者政治思想教育。次年6月，领导组与市场管委办公室合署办公，两块牌子。
1964年2月，寿县工商行政管理局成立，资改领导组、市场管委办公室，原属商业局的标准计量管理所均与县工商局合署办公，工商管理步调趋于统一，机构亦臻完善。次年8月，社会主义教育(四清)运动后期，整改精简，工商行政管理局与商业局合并，挂两块牌子，资改办、市管办撤销。县以下7区2镇，先后设置工商管理所和计量管理站。“文化大革命”期间，部分人指称工商管理是“管、卡、压”，又说是“为资本主义效劳”，各级工商管理部门受到冲击，处于“瘫痪”状态。1967年3月起，全县工商管理工作先后由抓革命促生产第一线指挥部工商办公室、人民解放军寿县支左领导组市场管理办公室、县革命委员会打击投机倒把办公室负责办理。1968年9月，各区镇工商管理所被撤销，代之以区镇革委会打击投机倒把办公室。1973年3月，县成立工商行政管理局革命领导组，各区镇管理所同时恢复；各级打击投机倒把办公室亦相应予以撤销。
1975年2月，寿县工商行政管理局恢复原称，排除“派性”干扰，机构职能渐趋正常。1985年12月，增设县城南关管理所。1987年，县区各级工商管理人员已由早期32名增至136名；业务范围包括：企业登记、证照管理、合同管理、个体工商业管理与经济合同仲裁、纪律检查等方面。