一、旱灾
在各类自然灾害中，以旱灾范围最广，危害最大。据地区气象局资料统计，自光绪十一年(1886年)至1985年的100年间，发生了大旱8年(8次)、中旱22年(23次)、偏旱25年(29次)，约2年一遇，其中大旱12年一遇，局部小旱，几乎年年发生。发生地区，中北部(六安县、六安市、寿县、霍邱)多于南部(舒城、金寨、霍山)，中北部发生50至55个旱年，南部发生46至48个旱年。发生季节，夏秋多于冬春。据六安县1956年至1980年统计，秋季占41％，夏季占32％，冬春占27％。危害以夏旱连秋旱最重，大旱虽十多年一遇，但损失很大。民国2年(1913年)夏秋大旱“赤地千里”，“米价由1500文一升涨到3000文，饿殍载道”。1958年大旱，全区受旱作物419.86万亩，有45.46万亩无收。1959年，全区受旱571.23万亩，有52.64万亩无收。1978年是历史上罕见的大旱，全区230多天未降透雨，6至8月降雨126.41毫米，仅为常年同期降水388.41毫米的三分之一，塘堰干涸，河水断流，人畜用水发生困难。由于建国后兴建水利工程，特别是淠史杭工程发挥效益，灌田374.6万亩，减轻了旱情，但仍有348.27万亩受旱，44万亩无收，干旱仍是很大威胁。
二、水灾
水灾的形成，一是山区连日暴雨，大量降水引起山洪暴发。据气象部门统计，每年平均暴雨日，多达5天，少则2至3天，且80％集中在5至8月，以7月最多。自1886年至1985年，全区共发生特大山洪8次，平均约12年一遇。以霍山、金寨较多。1969年7月13日，金寨前畈、吴店两地，24小时分别降水323.9～268.7毫米，引起山洪暴发，造成4万亩无收，5万亩受损，倒房死29人，重伤68人。14日，霍山日降雨282.7毫米，大水超过历史上雍正五年(1727年)和民国3年(1914年)，佛子岭水库漫坝1.5米，霍山城内水深1米以上；二是沿淮沿河地区洪水泛滥，造成内涝或决堤成灾。从1886年到1985年，发生水灾31次，约3年一遇。水灾多发生于6～7月的汛期。其中特大水灾有5次，平均20年一遇，民国20年(1931年)大水，7月六安降雨450毫米，“百川沸腾，高岗为谷”，淮、淠堤坝溃决，沿河地区一片泽国，人在寿县城墙可以就水洗衣。“六安饿殍数千人，逃亡数百人”。民国27年(1938年)，全区多雨，8月花园口决堤，黄河夺淮，沿淮秋粮全淹。1954年是百年不遇大水，全年降水量比常年多一倍，最多的金寨县前畈降水达3076.7毫米。7月份，全区暴雨日3天以上，金寨、霍山的吴店、前畈、佛子岭等地8～9天。吴店、前畈7天降雨量达1260毫米。正阳关淮河水位超过历史最高水位1米以上，多处堤坝溃决，全区有339.15万亩农田受淹。
三、地震
六安地区属华南地震区及长江中、下游地震区的麻城——常德地震带，在境内大别山北麓丘陵山地有一个地震危险区，范围北起六安县城南，南至霍山县大化坪，东起六安县凤凰台，西至六安县苏家埠、霍山县诸佛庵一线的椭圆形区域。根据历史地震强度和宏观烈度考察，霍山、六安、寿县、霍邱为6度区。
建国前，文献只记载有感地震。据县志和有关史料统计，自西晋太康二年(281年)至1984年，全区发生地震59次。根据记录资料分析，大震5次，其中：MS≥6级2次，5级3次(发生于霍山、六安各2次，寿县一次)。最大的一次是民国6年(1917年)1月24日霍山发生6.2级地震。当时《东方杂志》记述：“民国六年一月二十四日晨八时四十七分，安徽、河南、湖北三省间地震，屋瓦揭飞，墙壁倾颓，山石崩坠，在霍山、英山间崩坠之石有大于一屋者，震时有声如雷。霍山境内死伤数十人……。”时隔29天，2月22日霍山西南再次发生5.7级地震。震时“霍山隆然有声，霍山、麻城、罗田诸县境内房屋、率多倾倒，感震之地延及数省，广至四十余万平方公里。”1954年、1985年中南地区地震调查组和地区地震局、霍山地震局两次组织人员深入这一地区进行考察，对震中烈度区分、震源机制等作了分析，调查报告称：“极震区长25.6公里，宽15.4公里，面积254平方公里，震中烈度为8度，极震区受灾严重，房屋倾倒约占40％，死亡36人。”
建国后，1951年1月建立佛子岭地震台，安装一台机械地震仪。70年代地区和各县成立地震领导机构，先后建立金寨、霍山、下五显、小华山(地区台)四个地震台，组建206个群众测报点和700个哨所，并安装各种地震仪器进行监测。据地区地震局资料统计，从1951年8月13日至1984年底，全区共发生2级以上地震357次。发生地区：霍山293次，占82.2％；六安29次，占8.1％；霍邱11次，占3.1％；寿县10次，占2.8％；金寨8次，占2.2％；舒城6次，占1.7％。震级：2至2.9级305次，3至3.9级46次，4至4.9级5次，5.6级1次。
1982年9月27日六安杨公庙发生的3.8级地震，和1984年1月21日霍山佛子岭发生的3.2级地震，地区地震办公室依据震前宏观异常和仪器测定的资料分析，都提前作了预报，这是地区地震史上由记录到预报的开始。
四、其他灾害
低温有三种：一是“倒春寒”。3月下旬至4月中旬，北方冷空气不时小股扩散南下，本区境内出现低温或低温阴雨，影响春播或早稻秧死苗。1980年4月中下旬分别发生两次低温阴雨，14日最低气温为1.6℃，出现冰冻，六安县早稻烂秧死苗，损失稻种280.7万斤。低温机遇率山区多于平原，金寨县1960年至1985年统计，26年间春季出现低温或低温阴雨61次，平均每年2.3次。六安县1956年至1980年共发生烂秧天气40次，平均每年1.6次。其中3月下旬出现22次，占55％；4月1日至5日8次，占20％；4月6日以后10次，占25％。历年日平均气温稳定通过10℃的占80％，保证日期在4月5日，故早稻露地育秧播种期在清明以后，烂秧机遇较少。二是“秋分寒”，9月下旬前后，是农令“秋分”时节，秋高气爽，西南暖气流控制全区。但西北冷空气势力加强，季风向南推移。首次较强冷空气南下时温度骤然下降，常形成低温或长期低温阴雨，俗称“秋分寒”。此时正值双季晚稻和杂交稻抽穗扬花时，温度低于20℃，延续时间过长，造成晚稻瘪率增加，产量下降，甚至失收。农谚：“秋分不露头，割掉喂老牛”。1980年，六安县双季晚稻因受“秋分寒”影响，单产仅136斤，比上年减产60％。三是冬季强冷空气或寒潮侵袭，造成严寒或大风雪，使交通、电讯中断，越冬作物遭受冻害。1955年1月初，寒潮侵袭，全区普降大雪，雪深30～60厘米，元旦寿县雪深52厘米，11日气温达零下24℃，使午季作物，特别是油菜遭受冻害。据1886年至1985年统计，100年发生大雪13场，平均7.7年一遇。
高温低湿有两种类型。一是午季干热风，它是小麦生育后期出现的一种高温、低湿和风速较大的灾害天气，造成小麦子粒干瘪，千粒重下降，轻者减产10～20％，重者减产30％。境内南部影响较小，北部影响较大，约5～8年一遇。二是夏季高温低湿，每年7月下旬至8月上中旬，农时节令“立秋”前后，经常出现日最高气温35℃或日平均气温30℃，时相对湿度为69％的高温低湿天气，引起水稻花粉干枯，高温不孕，对处于灌浆阶段的水稻，则发生高温逼熟，千粒重下降。据六安县统计，持续5天以上平均每年1至2次，持续半月以上约5年一遇。
风灾境内每年常出现风速达17.2米／秒(相当于八级或八级以上)的大风。有三种类型：一是冬春季节出现的强冷空气南下时的偏北大风(包括寒潮大风)；二是台风；三是夏季强对流产生的雷雨大风或龙卷风。后两者常造成农作物的倒伏，茎杆折断，果实脱落，使农业歉收。严重的则树倒房塌，人畜伤亡。全区每年有6至16次大风，北部多于南部。霍邱平均每年16.3天，六安平均每年13.2天，霍山平均每年7天左右。
龙卷风几乎每年都有发生，造成严重灾害的龙卷风，从1949年至1985年全区共发生二次，1968年7月14日下午，舒城县南港境内发生龙卷风，持续3小时，毁房2147间，伤206人，死10人，农作物受灾4500多亩。
冰雹常和雷雨、大风同时发生。据地区气象局资料统计，1949年至1985年全区降雹117次，每年平均3.1次，以六安、金寨最多，寿县、舒城次之。发生季节2～8月，以6月最多，占31.6％；2月最少，占2.5％。冰雹一般有黄豆或蚕豆大，少数有鸡蛋大，个别的有碗口大。1979年6月9日，霍邱县降雹，有16个公社106个生产队受灾，最大的冰雹重1.85公斤。