河流
澥河源于濉溪县潘庄，由小赵庄入境，流经本境11公里(濉溪、蒙城二县，以河为界，习称界沟)，南岸2条大沟注入，境内流域面积约19平方公里，占全县总面积的0.9%。从叶井子出境，经宿县、怀远至固镇县注入浍河。
北淝河(古称夏水、泓水、陂水)源于河南省商丘市附近，东南流经亳县、涡阳，由小山王家西北入境，东南流经芮集南、唐集、板桥集北、乌集南至瓦埠集北出境，再经蚌埠北至五河县沫河口入淮。境内长34公里。两岸21条大沟注入。境内流域面积约575公里，占全县总面积的27.2%。古代舟楫畅通(建国后在其支流坛城西港湾沟、板桥西主流淤泥中，挖出带桅古船)，现河道淤积成喇叭形，不能通航，枯水期涓涓细流，大旱之年，常常断流。洪水期，渲泄不畅，河洼地多被淹没，水面宽1—2公里。板桥以上虽已疏浚，由于下流堵塞，沿淝旱、涝频繁。
涡河(古称过水)《水经注》：“阴沟始，乱荡荡终，别於沙，而过水出焉。”源于河南省通许县，流经杞县、太康、鹿邑与北干惠济河汇流，经安徽省亳州市、涡阳县，由田桥入境，东南流经小涧镇西、城关镇北、全集西、双涧镇北、移村集南至界沟集出境，至怀远县城北入淮。境内长52公里，两岸37条大沟注入，境内流域面积671平方公里，占全县总面积的31.8%。境内河宽200—300米，深8—10米，平槽流量1500立方米／秒，可常年通航。沿岸土地肥沃，物产丰富。建国后，修筑两岸防洪堤、沟口涵闸、蒙城节制闸、分洪闸、船闸，多次疏浚河道，水利、航运条件大为改善。
芡河(春秋时称濮水，三国时期名渠水)古河道源于河南省郑州西北黄河南侧，东南流经开封、扶乐、陈县、利辛，由胜利沟口入境，东南流经吕望集、陈桥集南、顺河集北、立仓集南至枣木桥北出境，流注淮河。境内长46公里，两岸33条大沟注入，流域面积约704公里，占全县总面积的33.3%。河道淤积成喇叭形，渲泄不畅，不能通航。沿岸旱、涝频繁。
茨淮新河系人工河，1971年破土动工，1976年通水。西起阜阳茨河铺，东南流经利辛县、凤台县，由港河闸南入境，流经薛集南、新大兴集南，至邹楼东南出境(蒙城、凤台两县以河为界)，至怀远县荆山西南入淮。流经本境长35公里，北岸13条大沟注入，流域面积为142平方公里，占全县总面积的6.7%。境内河道口宽230米，底宽200米，深8米，正常排洪量2000立方米／秒，分洪量3000立方米／秒，300吨拖轮可常年通航。
地面径流
蒙城县境自北向南澥河、北淝河、涡河、芡河、茨淮新河五条东西流向的河流，均属淮河水系，流经本境总长173公里，106条大沟(集水面积10平方公里左右，3年或5年一遇)分别注入。境内年降水量17.3亿立方米，地面径流5.38亿立方米(夏季约占62.9%)，丰水年超过10亿立方米，枯水年小于1亿立方米。涡河、茨淮新河承接上游过境水年约14.29亿立方米。澥河、芡河、北淝河过境水很少。
地下水
蒙城县境内地下水资源丰富，其中全新统浅层地下水，总储量30.19亿立方米，年调节储量2.37亿立方米，渗入补给量5.28亿立方米。地下水为碳酸钙镁型和碳酸钠镁钙型，矿化度、盐度每升小于5毫克当量，适于农田灌溉。按富水性分四级(30米地层涌水量)。
古河床粉、细砂强富水区每小时涌水量6—14立方米。分布在涡河以北大部分地区，马集、牛王、辛集一线及乐土、柳林、立仓一线，面积约1008平方公里，占全县的47.7%。
泛滥带粉、亚砂中等富水区每小时涌水量3—5立方米。分布于沿涡及三义、大兴一线，面积705平方公里，占全县的33.4%。
泛滥带边缘亚砂土弱富水区每小时涌水量小于3立方米。分布于楚村、罗集一线，面积304平方公里，占全县的14.4%。
基岩出露浅埋弱富水区每小时涌水量小于3立方米，分布于小涧、坛城附近，面积94平方公里，占全县的4.4%。
蒙城县浅层地下水富水性分区图