元代，北方的回民迁移境内，伊斯兰教也随着传入。元顺帝至正年间，在亳州城里建立第一座清真寺，有81间礼拜大殿，雄伟壮观。此寺后被称为清真古寺。
建国前，境内有清真寺14座，阿訇23人；回民2995户、12810人，分布于100多个村、6个集镇，其中以城关、十八里、观音堂、双沟较多。1982年人口普查统计，全县共有回民21703人，在少数民族中人数最多。旧社会，回民经济困难、文化落后，多以做小生意为生。阿訇可以享受寺里房地产收入，另外为婚丧、信徒念经、宰杀等也有收入。
建国后，寺内土地收入取消，阿訇在农村土改时分得了土地。1965年，对阿訇予以生活补助，享受一等补助的4人、二等补助的1人、三等补助的13人。年补助最高的35元，最低的10元，生活无困难的不补助。回民的宗教信仰、生活习惯，受到人民政府的保护，办婚事所需要的油、面均给予照顾。不少伊斯兰教徒担任了国家干部，在生活上有了很大的改善。“文化大革命”期间，礼拜和一切正常的活动被禁止。党的十一届三中全会后，恢复了活动。1982年，县成立了寺产管理委员会。此后，清真寺和北京寺先后被批准为开放寺，并拨款1万元，对两寺进行维修。
亳县建国前清真寺分布表