（一）公费医疗
1952年，按安徽省人民政府（1952）皖卫字123号《关于全省国家工作人员实施公费医疗预防办法的几项规定》，对全县国家工作人员实行公费医疗，由县卫生院代管。1953年，设立了亳县公费医疗预防实施管理委员会，县政府负责人任主任，各有关部门负责人为成员，由县卫生科（局）具体办理有关事宜；并配备了专职会计，统管全县公费医疗的审批收支、转诊治疗等工作。从1980年7月1日起，根据省卫生厅（80）170号省财政厅（80）479号联合通知精神，公费医疗经费开始实行按系统、分部门或单位包干使用，超支不补，结余归己的办法。几年的实践证明，这样办大大减少了经费开支，但对必须转诊、转院治疗的重病患者，其费用一时难以解决。
（二）合同医疗
从1956年开始，全县城乡100多个单位3000多人，实行了合同医疗。到1958年，与医疗单位签订合同的共有350家，约2万人凭合同单位证明就诊。但后来由于管理不当，经常出现结帐时双方扯皮的现象：多数协议单位人员调动后，调出、调入单位均不再承担医疗费用；有时因为工厂、企业关、停、并、转，致使医疗单位虽有合同也找不到承担债务的单位。1980年以后，大部分工厂、企业实行医药费包干使用、谁吃药谁付款的办法。只有少数单位，对重病号采取与医院订短期合同，病员持卡拿药、医院凭卡结帐付款的办法。
（二）合作医疗
1969年秋，卫生局组织有关单位负责人到湖北省麻城县和长阳县乐园公社参观学习兴办合作医疗的经验。回来后，即以立德公社杨集大队为合作医疗点。这年12月5日，县在点上召开大办合作医疗的会议。从此，农村合作医疗逐步向全县发展。到年底，22个公社的大部分大队，都办起了形式不同的合作医疗。
合作医疗有包医、包药（赤脚医生的报酬和病人的药费均由集体负担）、包医部分包药（赤脚医生的报酬由集体负担，病人吃药交一部分药费，贵重药品费用自付）、包医不包药（赤脚医生报酬集体负担，病人谁吃药谁拿钱，只收药品成本费，不收劳务费）几种形式。
合作医疗的资金，一般由生产队公益金或副业收入按人分摊的办法解决。有的地方发动群众采集中草药交给合作医疗站；有的按上级“百人一亩田”的要求种植中草药，供合作医疗使用；还有的办中草药小型加工厂，以减少外购药品费用。赤脚医生也尽量采用土、单、验方，及“一根针”、“一把草”的治疗方法，来减轻群众负担。
农村推行了生产责任制后，合作医疗机构逐步转变为自负盈亏、独立核算的集体福利卫生事业单位。1981年，卫生局对赤脚医生进行统一考核整顿，使农村基层卫生医疗工作走上了正轨。