一、管理机构
建国初期，阜南县未设专门的科技机构，由宣传文教部门负责科学知识的宣传、传播和普及工作。经常宣传科学技术知识，破除封建迷信，开始推广使用新式农具、农药、化肥；对人、畜传染病进行防疫、注射疫苗以及新法接生等。
1956年5月11日，成立阜南县科学技术普及协会（简称“科普协会”），配备专职人员。成立医药卫生、农学、工程等学组。1958年11月，科普协会更名为阜南县科学技术协会。为了适应农业合作化后群众性的科学实验活动普遍开展，由县工业和农业系统领导人组成县科学技术委员会，着重普及农业生产技术，如引进良种，改革农具，实行耕作技术改革。1960年国民经济困难时期，县科委撤消，科普工作停滞。1962年恢复县科协，1964年成立农学、医学、水电、理科4个学组。“文化大革命”开始，科技组织解体。至1968年阜南县革命委员会成立生产指挥组，下设综合组（包括科技组织在内）。在此期间科技工作主要抓赤眼蜂防治农业病虫害的研究。
1978年8月，陆续恢复科委、科协组织，合并办公，一个单位两块牌子。增设科研机构，充实科技人员，科技工作逐步走向正规。1984年12月5日，阜南县召开了第3次科协代表大会。1985年全县、区、乡、村都建立了科技组织，配备了专职干部或业余科技员。实现了科技干部专业化，城乡科普网络化，科技工作经常化，促进了全县工农业生产发展和经济的振兴。
二、专业科研机构
1、阜南县农科所：
1955年，县成立农业技术推广站，从事农作物的栽培、良种选苗繁育、病虫防治、农具改良等农业技术的改革推广普及工作。其后相继建立了棉花原种场、畜牧良种场、植保站、畜牧兽医站、园艺场、麦豆良种场、水产养殖等比较专业的实验研究场所。1959年，在县农技推广站的基础上正式建立了农业科学研究所，设在县城北郊双碑乡境内，有土地百亩，其中25亩作各种作物的栽培实验园地。另在城西南郊阜西乡的张油坊设分部，有土地210亩，供大田繁殖良种用。2、阜南县生物防治研究所
1970年，县成立了赤眼蜂、蓖麻蚕研究所，位于城区东北隅、焦阳路西侧。1984年，改称阜南县生物防治研究所。它是一所专门从事以赤眼蜂、蓖麻蚕为主的生物防治综合性的自然科学研究机构，在安徽省还是唯一的一个这种科研机构。所内有试验室、化验室、赤眼蜂自动化繁殖室、冷库。设赤眼蜂组、蓖麻蚕组、机务组、后勤组和办公室，有价值10万元的仪器设备。
3、气象站
1956年下半年筹建，1957年成立“阜南县气候站”，设在县办冷寺农场。1951年8月迁至现址——城区东北隅，农科所路东偏北，东经115°35′、北纬32°38′。1960年，改称气象服务站。1979年8月改称阜南气象站，1984年3月改为阜南县气象局。1986年，有技术人员10人，其中助理工程师2人，技术员1人，技术干部7人。
4、地震办公室
阜南县历来无观测地震的设施。1974年始由县科技组兼办有关地震方面的业务。1975年3月成立阜南县革命委员会地震办公室，1976年3月成立防震抗灾指挥部，年底，地震办公室建成地震中心测报站。1981年3月改称阜南县人民政府地震办公室，办公室工作人员5人。
5、能源办公室
1958年，为了大办沼气，县城立了“沼气小组”，这是阜南县最早的能源机构。以后因沼气试验一些技术问题难解决，小组亦趋于瓦解。1980年8月，县再次成立沼气领导小组，下设办公室隶属县科委。1981年沼气办划归农业办公室领导。1984年7月，在沼气办的基础上，成立了县农村能源开发委员会领导小组，下设能源办公室和农村能源技术服务公司，从事农村能源开发，继续试办沼气及省柴灶的推广普及工作。