阜南县水资源比较丰富。水资源主要由自然降水，河道过境水和地下水构成。全县多年平均降水量为16.88亿立方米；多年平均径流深249毫米，平均径流量为4.58亿立方米，占降水量的27.13％。不计客水和地下水，年人均占有424立方米。按土地总面积计，亩均166立方米。
一、地表水
有关自然降水情况，已在本章第二节记述。本节所记地表水，主要是河道过境水。
阜南县境内河流属淮河水系。主要有淮河、洪河、谷河、润河、界南河、小润河、陶子河、小草河、小清河等。
淮河发源于河南省桐柏山，流至豫皖交界的洪河口入县境，沿钐岗、崔集、老观、曹集、大同、桂庙、郜台7乡边界东北流至曹台孜出境，在县境内长65公里。河床平均宽210米。右岸分别为河南省的固始县、安徽省的霍邱县。总落差19.6米，平均比降为万分之二。
洪河发源于河南省伏牛山区。在班台以上称小洪河，至班台与汝河汇合，以下称大洪河。自方集区任岗入县境，沿张湾、方集、郑湾、洪河桥、洪集4乡1镇的南边缘至洪河口入淮河。经县境长45公里，流域面积411.3平方公里，河床平均宽80米。
谷河发源于河南省新蔡县耿寨，经临泉县谢集等地至阜南县方集区范郢沿临、南边界到杨桥入境。经公桥、王化至中岗汇入濛河（今淮河分洪道）。在阜南县境内长46公里。夏汛期自苗寺东汇界南河，通航阜南县城。两侧有聂寨、白井、民安、大湖、杏集、苗集、谢中、李井、王化等9条大沟注入。
润河源于临泉县的迎仙集，东流至赵集区耿坡入县境。1966年自白虎岔以上截引入界南河，以下过田集、姜陈、公兴，至朱寨区曹斗庄入颍上县境。两侧有葛庙、田集、花园、新集、耿腰庄、丁寨、邢庙、李大、北坝、郭庄、许北、姜堰、南学河、白庙、华湖、曹庄、黄沟等17条大沟注入。在县境内长79公里，流域面积670平方公里。
界南河系1958年新辟的由界首至阜南的人工河。至1966年仅开挖临泉杨桥至阜南苗寺的一段51公里，于苗寺注入谷河。
小润河由柴集区贾塘沿积水成河。北下阜阳县的蚂虾集，沿南、阜边界东流至冯桥再入境内转东南，至朱寨区小刘庄注入润河，长24公里。
小草河源于临泉赵庄至阜南县长子街入境，经张楼、王寨、至两河入润河，县境内长18公里。
陶子河源于阜南县城郊河头村张庄积水，东下经白果、槐井转东南至黄岗入淮河分洪道，长31公里。
小清河楚灵王开通商渠，五代后周刺史王祚更名为清河。后淤塞，清乾隆年间，颍州府知府王敛福，率民挑浚，南流经焦陂入淮，北抵汝河入颍水。今小清河，焦陂以北水入润河，以下经小酒坊、华陀庙过赵庄入颍上县境，至南照集入淮河。在县境内长28公里。
大清沟一称清河，源于方集西北清陂塘，东流二沟并驰60里至洪林村，古时南面一沟为民田水利；北面为军屯水利。南一沟古称下清沟，也称黄沟。1958年截直疏导为洪河分水道下段；北沟即今大清沟，古称上清沟。西起方集区的汪老庄，上通唐沟，东至傅家岗，长30公里，成一直线。1958年疏浚，常年蓄水，水清质优，为两侧农田主要灌溉水源。
洪河分洪道自河南省班台始，上通洪河。洪河班台水位达35.55米时，开始分洪以减轻洪河上游积涝和下游堤防负荷。最大流量为750米3／秒。流向东南，经临泉艾亭，自方集区邓郢入境，沿永店、方集、李集、地城等近岗地带，至张家岗与淮河分洪道合流。全程80公里，县境内41公里。两侧有唐沟、运城、肖坡、何寨及芦楼、地城、严湖等截岗沟与泅沟口排涝沟注入。1975年班台闸炸毁后，分洪失控。
淮河分洪道于洪河口首接淮河。此处淮河水位达22.6米时自动分洪，以减轻淮堤负荷，东北流，沿钐岗、张家岗、傅家岗、中村岗、黄岗等岗坡至贾岗出县境，抵南照集入淮，长45公里。
二、地下水
阜南县地下水资源较丰富。浅层含水岩组有两个含水层，一层约在5—20米，另一层约在30—50米，均受古河道发育控制。浅层地下水运动以垂直交替为主，侧向径流极微，属“入渗蒸发型”。地下水总静贮量约25.65亿立方米，调节储蓄量约0.79亿立方米，具有开发利用潜力。
地下水质较好，属碳酸盐淡水，矿化度小于每升1克，含盐度在每升5毫克当量左右，含碱度小于每升4毫克当量，尚未受到人为污染，适宜饮用和工农业生产用水。
根据农业需水量灌溉定额推算和省统计局工业需水统计资料看，阜南县地下水资源供需情况为：可开采资源年41956.6725万立方米，其中降水入渗量年41650.221万立方米，灌溉回渗量年2743.26万立方米，河流侧渗量负年2436.8085万立方米。用水量年29286.47万立方米，其中：灌溉用水年26576.95万立方米，工业用水年245.28万立方米，人畜用水年2464.24万立方米。供需平衡年余水量12670.2025万立方米。