阜阳县医技、药史久远。远古时期，巫、医一体。从西周起，巫、医分立，医分为上、中、下士，“上士二人，下士二人，府二人，史二人，徒二十人，掌医之政令，聚毒药以供医事”。汉末，华佗的外科医技和张仲景的《伤寒论》传入。北宋时期，苏轼知颍，带来大批临床验方，其中有《经史类证备用本草》、《博济良方》、《全生指迷方》、《济生方》、《传信适用方》、《旅舍备要方》、《集验背疽方》、《妇人大全良方》、《产育保庆方》，医疗事业兴盛一时。明代以后，颍州置民药局，人口稠密处设医生、医士或医官(由太医院从考试合格人员中挑选派遣)，引进了英国(一说是西班牙)种痘法，丰富了医学宝库。
清代，阜阳县无官办医疗机构。按《新刑律》规定，凡私人开业“未经官署许可，处以五百元以下罚金”。凡许可营医者，必须经过考试，“考试不以艺文为先，而以学术为重”。光绪二十九年(1903年)，乡绅范绍彭以劝戒鸦片为宗旨，在阜阳城创办志悟堂，是阜阳县第一家慈善性质的小型医院。光绪三十四年，中国红十字会通过乡绅宁继铭，在阜阳城开办中国红十字会颍州分会，为儿童接种牛痘，向贫苦人施舍药物。民国18年(1929年)，安徽省卫生总队第三分队来阜阳县，利用本身的人员和设备，在阜阳城第一公园(今阜阳市第五中学南部)开办安徽省阜阳中心医院(民国30年，改名为安徽省立阜阳医院)，有医生3人、护士2人、病床15张。民国29年，县政府于刘氏祠堂(今西城小学址)开办阜阳县卫生院，设内科、外科、妇科，有医生、护士14人。民国33年，中国三民主义青年团阜阳分团部开办青年团医药社。因资金不足，后由臧振寰接办。
这一时期，民间还开办一些私人医院和诊所。声望较高的有：民国9年，时子元于江西会馆开办的同仁医院；民国12年，李协一在仁里巷开办的福音医院；民国14年，高继元在刘上台开办的中和医院；民国16年，王鹤鸣于三里井开办的民爱医院；民国19年，殷凌云在张家古同开办的夫妻医院；民国22年，有陈文孚开办的孚德医院和周惠民开办的惠民医院。另外还有臧振寰开办的振寰诊所、孙运亭开办的运亭诊所、刘桂五开办的桂五诊所、尚健民开办的健民诊所、杨颍潮开办的颍潮诊所、余西洪开办的西洪诊所、吕泽夫开办的泽夫诊所、朱仙樵开办的仙樵诊所、王贯仪开办的贯仪诊所、刘衡才开办的衡才诊所、孙志荣开办的志荣诊所、刘德五开办的德五诊所、廖汉南开办的汉南诊所、杨杰开办的杨杰诊所、吴新亚开办的新亚诊所、邢瑜光开办的瑜光诊所、连立武开办的连立武眼科诊所、江保录开办的江保录眼科诊所。私人医院有医生一般是3—5人、病床3—5张，与诊所无大差异。
解放后，除了地区在县境内开办阜阳地区人民医院、阜阳地区传染病院、阜阳地区精神病院外。县、区、乡均建立了卫生院和诊所。
(一)县属卫生机构
1．卫生防疫站
1956年成立，下设卫生、防疫、地方病、检验、宣传等股，负责劳动卫生、环境卫生、食品卫生、学校卫生及地方病、传染病的防治工作。站址在阜阳县人民政府西院，建筑面积为1300平方米，有立式高压灭菌器、手提高压灭菌器、酸度计、恒温箱、干燥箱、轻便荧光源、康氏震荡器、水浴锅、救护车、摩托车等现代设备。下有124人组成的基层防疫网。
2．妇幼保健站
其前身为县卫生科妇幼卫生保健股，几经分合之后，1956年正式成立妇幼保健站，负责全县妇女、儿童的保健工作。站址在县人民政府西院，建筑面积80平方米。有无影灯、方型器械台、泡手筒、接生器械、流产器械、万能床、简易产床、显微镜、儿童磅秤、电灼器、儿童血压计等设备。区、乡、行政村保健人员共353人。
3．县医院
前身系1950年5月在玉石街吴家花园开办的阜阳县卫生院。开始时有医生3人、护士5人、勤杂人员5人。1953年扩建后，有病床30张，设内、外、妇、儿4科，治疗各种常见病，可作肛漏、痔核、鞘膜积水等小手术。并负责全县的防疫工作。1956年，改名县医院后，防疫工作划交阜阳县防疫站。1962年，迁医院于七里河，占地100亩。设第一、第二门诊(1981年第二门诊部扩建为阜阳县妇幼保健医院)，设有内科、外科、妇产科、传染科、中医科、骨科、针炙科、五官科、皮肤科、放射科、检验科、制剂室、病案室、图书室及药库。1985年，全院共有医生、护士、勤杂人员206人，病房及门诊建筑面积为6570平方米，备有大型医疗器械。年收治病员1500人左右。
4．县妇幼保健医院
前身系阜阳县医院第二门诊部，1981年，扩建后改为今名，设中医科、妇产科、内科、外科、骨科、药剂室及放射科有X光机、B超声波、心电图机等高档医疗器具，设备齐会。1985年，全院有医生、护士及勤杂人员149人，病床102张，门诊及病房面积为2000平方米。
5．县中医院
前身系1955年成立的阜阳县卫生工作者协会附设红星中医门诊部，1957年扩建后改为中医院，有医护人员34人、病床20张，设内、外、针灸、小儿等科。1959年，该院并入阜阳县医院，改为阜阳县医院中医科。1962年从阜阳县医院分出，改为阜阳红十字会诊所。1965年，改为今名。病床由15张发展至80张。设门诊科、内科、外科、妇科、针灸科、痔瘘科、骨科、妇产科。有X光机、光度仪器等医疗器械设备。1985年，全院共有医护勤杂人员149人，病房及门诊建筑面积为2282平方米。住院部年均收治病员472人。
(二)区属医疗机构
1951年，吸收社会中、西医生，组建城关、插花、袁寨、马店、王市、马寨6个区卫生所。1952年增办王店、程集、闻集、行流、苏集、王人、胡集、口孜、正午、茨河10个区卫生所。1958年，上述区卫生所改为人民公社医院，下设150个分院，共有病床678张，医护人员442人。1962年，改公社医院为全民医院，定分院为集体医院。1985年，根据技术和设备，将口孜、插花、闻集、伍明4个医院，改为区中心医院，将乌江、杨楼、三合、三十里铺、九龙、姜堂、邵营、城郊等医院定为分院。共有病床1080张，医护人员742人。中心医院设有X光机、心电图机、B超声波、离心机等医疗器械，可做脾切除。肝修补、胃切除等手术。
(三)乡属医疗机构
1952年，全县社会医生组成31个联合诊所。1957年，联合诊所增至212个，医护人员1015人。1958年，部分医术较高的医生被调进公社医院，余转向生产大队，称赤脚医生(和农民一样，付劳动工分)。1982年整顿后，全县组建80个卫生所(每乡一个卫生所)。有医护人员410人。治疗常见病，兼管一乡保健、防疫工作。
(四)个体诊所
1978年，农业生产实行承包，赤脚医生要求开业治病。1983年，县卫生部门对要求开业医生进行考核，发给481人开业合格证书，批准开办234个个体诊所。