阜阳县是水、陆、空交通的汇集处。民航属安徽省民航局管理，濉溪、阜淮两条铁路属上海铁路局蚌埠分局(开始时属徐州分局)管理，水上运输1975年交阜阳市管理。阜阳县管理的，主要有县内的公路、车辆及1975年前的水上运输。
(一)路政管理
1959年，成立县交通管理站(前身是1956年成立的搬运服务站)，各区(人民公社)成立交通运输管理站。交通管理部门的主要责任是：宣传交通规则，清除路障，管理运输票证，对机动车辆进行年审，对驾驶人员进行考核，刷制路标，征收养路费。1963年后，交通管理站配备专职路政员，下路检查驾驶人员的行车证、驾驶证，检查机动车的发动部分(起动、缸压、空气滤清等设备)、传动部分(离合器、变带器、转动轴等设备)、转动部分(方向盘及方向机等设备)、底盘部分(车架、防震器、轮胎、轮圈等设备)以及制动部分的机件是否规范和合乎标准。1977年后，成立阜阳县车辆监理站，专司车辆入户、车辆转移、车辆年审、驾驶员发证、车祸处理、清理路障和安全教育工作。各区交通运输管理站，负责辖区内的交通运输管理工作。
(二)公路养护
1958年后，建立了程集、杜园、王寨、柳河站、张庄、吴桥、抱龙、伍明、南周棚、五里庙、三十里铺、姜海孜、卢庄、插花、张湾、正午、老庙、王店、杨楼、口孜、袁寨、齐营、闻集等23个道班，以开展对公路的养护。以后不断调整，将杜园道班改名为大田道班，将王寨、柳河站道班合并于张庄道班，将齐营道班合并于闻集道班，将吴桥、抱龙道班合并于伍明道班，将南周棚道班合并于五里庙道班，将三十里铺道班合并于姜海孜道班，将庐庄、张湾道班合并于插花道班，全县尚有13个道班，共有养路工136人。1985年，共有工程车4台、工具车1台、压路机4台、洒布机1台、四轮拖拉机23台。
(三)水上运输管理
1950年10月成立皖北淮河航运管理局，监督执行统一货源，统一调度，统一运价的“三统政策”，维护了航运秩序，发展了航运事业。
1952年，成立阜阳运输站，5月改为国营华东内河轮船公司安徽淮河公司阜阳办事处。1958年，成立阜阳航运管理站，1959年成立阜阳专区航运管理局。县设航运站。为确保运输安全，加强航运管理，航运站对船舶质量和安全设备进行定期技术鉴定。同时核定载重吨位，对进出港实行签出签入，并设置风向标和风力信号竿，定期定时报告天气。1975年后，水上运输交给阜阳市管理。