民国15年(1926年)，当国民革命军北伐到达正阳关时，国民党阜阳县党部委员(中共党员)张蕴华代表阜阳民众前往迎接。民国16年(1927年)国民革命军第十军杨虎城部驻太和，第十九军高桂滋部驻阜阳，由于魏野畴等一批中共党员做了大量工作，阜阳地区曾一度出现国共合作的局面。在共产党领导下，全区工农革命运动轰轰烈烈。但是，这次难得的国共合作被国民党一手破坏。民国17年(1928年)春，国民党派员专程从南京来阜阳“清党”，密令杨虎城、高桂滋逮捕共产党人。高桂滋、杨虎城军内中共党员被迫离军。在国民党步步进逼的情况下，中共皖北特委决定以武装起义反抗国民党反共、反革命的倒行逆施，于同年4月9日发动了阜阳武装起义。阜阳“四·九”起义遭到国民党军队残酷围剿、镇压，中共皖北特委书记魏野畴等80多名共产党人惨遭杀害，轰轰烈烈的工农运动被扑灭，国民党在阜阳地区制造了白色恐怖，到处逮捕杀害工农革命骨干。翌年，国民党继续在阜阳地区大举反共、“灭共”，逮捕杀害周传业、周传鼎、袁新民等一批中共党员。民国20年(1931年)，国民党及其军队又残酷镇压太和“四·一九”起义，杀害共产党人和革命人士10多人，有20多人遭国民党通辑被迫逃离本土。其后，国民党在阜阳地区执行“宁可错杀一千，也不放过一个”的疯狂命令，几乎破坏了所有阜阳地区的中共党组织，阜阳地区陷于一片白色恐怖。
抗日战争开始后，中国共产党坚持国共合作，共同抗日。民国27年(1938年)底，彭雪枫率新四军游击支队进驻涡北地区后，模范地执行抗日民族统一战线，得到国民党爱国人士的响应。阜阳地区又一度出现国共合作、共同抗日的大好局面。在共产党的领导下，全区抗日救亡运动形成热潮。但是，阜阳地区的国共合作、共同抗日的大好局面又被国民党顽固派一手断送。早在民国26年(1937年)8月，阜阳行政督察专员江恢阅接到安徽省主席李品仙密电，就着手部署以“消灭土匪”名义对付新四军小股部队。从民国28年(1939年)起，国民党顽固派在阜阳地区不顾日军压境，无视中国共产党的真诚合作、抗日救国的行动，制造了一连串反共惨案，掀起了一股股反共逆流。民国28年(1939年)7月19日，国民党太和县党部勾结县长武怀德，秘密枪杀从延安去涡北抗日前线的丁钱辉等7名中共党员、新四军人员，制造了震惊豫、皖的太和“七·一九”惨案。次年4月5日，国民党蒙城县党部勾结县长李传璧，纠合省保安六团，逮捕、活埋蒙城青年抗日救国会会员杨子仪等4人(此4人均为中共党员)，一手制造了蒙城“青抗会惨案”。同年4月27日，国民党亳县党部书记张寅生勾结汉奸、劣绅，夜袭亳县二区署，逮捕中共党员20多人，区长刘文灿、区员马文干等9人惨遭杀害，再次制造了“亳二区惨案”。在制造上述一连串反共惨案之后，于民国29年(1940年)7月1日至7日，阜阳专员李盛宗在阜阳城召集军政会议，专门讨论“灭共”、“融共”、“限共”计划。会后，派遣国民党特务潜入新四军抗日民主根据地，搜集情报，进行破坏活动；在国统区大肆逮捕杀害共产党人、干部家属、抗日救亡积极分子和爱国民主进步人士。国民党顽固派破坏抗日的罪恶行径，激起阜阳地区广大人民群众的义愤，也理所当然地受到中国共产党和新四军的坚决揭露和反击。与国民党顽固派的妄想相反，共产党、新四军游击支队不仅没有被“消灭”，反而更加得到民众拥护与信赖，在抗日战争中不断壮大，终于赢得了抗日战争的最后胜利。
解放战争期间，为了适应国民党“消灭”共产党、建立国民党独裁政权的需要，民国34年(1945年)，国民党在临泉建立中美合作技术人员训练班临泉分班，实为军统特务组织，军统局局长戴笠亲任班主任。翌年，国民党在阜阳地区大力发展组织，扩充党员，在县建县党部，在乡镇建区党部，在保建区分部，并在国民党各级组织里设立“防奸”小组。与此同时，配合国民党地方当局和军队，搜查、逮捕、杀害共产党人和解放军指战员家属、以及民主进步人士。民国35年(1946年)，国民党仅在涡阳县就逮捕、关押共产党员和进步人士591人。民国36年(1947年)，国民党又在阜阳县大田区活埋“共产党嫌疑犯”23人。随着国民党军队的节节败退，国民党更借重特务活动垂死挣扎。在民国37年(1948年)阜阳解放前夕，国民党阜阳县党部布置特务刘树端等携电台潜伏、并密令各区分部的“防奸”小组在当地潜伏。这些潜伏的特务搜集共产党和人民解放军的情报，暗中与其上司联系，并与当地土匪、反动会道门勾结搞破坏活动，幻想“反攻”。阜阳地区解放后乃至新中国成立后，国民党多次从台湾和港、澳派遣特务潜回阜阳地区，与土匪、反动会道门勾结，发动反革命暴乱(详情在《公安》章记述)，妄想接应国民党“反攻大陆”、复辟其失去的政权。这些特务陆续被人民政府政法机关抓捕归案，并依法受到严惩。国民党反动派在阜阳地区20多年，恶迹昭著，民心丧尽，终于遭到了彻底失败。