古汴水萧县是古汴水流经的地方。汴水自荥阳上承黄河来水，东经虞城、夏邑，“又东经砀县（即砀山县，古砀山县在今保安山之南）故城北，又东经萧县南、濉水北流注之”（《水经注》）。境内的赵（家）圈、东镇店、韦道口、曲里铺、古萧城（今盛村北），黄营子一线，就是隋唐前古汴水流经的地方。
秦汉时期，古汴水经萧东流，在徐州（古称彭城）东北角汇泗（水）入淮。汉末黄河入汴，泥沙俱下，淤积严重。东晋义熙12年（416），汴渠淤塞；刘裕北伐后秦获胜，翌年，班师南还，“自洛入河，开汴渠以归”（《宋书·武帝本纪》），萧县复得汴水之利。后因黄泛冲积，“至隋复淤，隋大业初复通之”（清同治《徐州府志》）。隋大业元年（605）扬帝凿通济渠，使河道“别而东南入于淮，于是（汴水）故道竭”（指古汴水干涸）。据《黄河水利史述要》称：“根据《太平寰宇记》，《地方志》和《南来录》的记载，通济渠从浚仪（今开封）以东，又与原汴渠故道分途，直趋东南，另开新渠，经陈留，雍邱（今杞县）、宋城（今商丘）、永城、夏邱（今泗县）于盱眙北入淮。”古汴水再度湮废，宋代“萧令张所作的“新支大渠”，大体是东自姬村附近向西经石将军庙，曲里铺，赵圈等地入砀境。这可以从清末大王庙中堆放的宋徽宗时沉船失落的花石若干方（史称“花石纲”，十船为一纲），以及散弃于王山头学校。陶楼寨东门内的数方花石得到证实（抗日战争时期尚有数方）。
宋建炎二年（1128），汴京留守杜充为阻金兵，决开黄河，自此黄河开始改道南迁夺汴，经流萧县至彭城（今徐州）入泗水东流入淮。萧县遂成为黄河东流夺淮的泛道。
废黄河黄河从南宋建炎二年决口南迁，到清咸丰五年（1855）铜瓦厢决口北徙，历经本县720多年。黄河夺汴后，“自砀山县入境，流经县西六十五里之新挑沟，又东五里至赵家圈，又东十里至拖绳桥，又东十里至东镇渡，又东二十里至曲里渡，又东五里至朱珊渡，又东二十里至旧县北三里之冀门渡，又东五里至两河口，与山西湖之委流合，以达郡境”（清康熙《徐州府志》）。黄河在金、元以至明代前期（1368—1505），溢决频繁，河道紊乱，靡有定向。明万历五年（1577），黄河在砀山县崔家道口决口，徙萧县黄口、雁门集（今郝集）一线，下流循浊河向东到九里山西分两股，一出大孤山、九里山北至境山以北会运河南下徐州，是为正流；一出九里山南为支流，经小浮桥到大浮桥（在徐州城东北）南会正流。当时为了遏断秦沟（丰沛之间）旧道，在砀山、丰县界上建邵家口大坝，沿河修建大堤，使大河专走崔家道口以下新河道。清康熙年间又在砀山县毛城铺和徐州大谷山等地修建减水坝，河患得以减轻。明万历卅一年，黄河决山东单县、曹县间，灌昭阳湖，冲入改线后的新运河河道。翌年开口运河，使运河与黄河分离开来。万历四十年，大孤山、九里山北正流淤塞，全部河水由九里山南经小浮桥东北会运。此流路直到清咸丰五年（1855）河决河南兰考附近的铜瓦厢，前后230多年基本未再改变。黄河改道北去后，留下了高出地面5—9米、宽4—10公里的故道，就是现在所见的黄河故道或废黄河。境内其他河道，也因黄河北去，变成间歇性、季节性河道。
废黄河由岳李西流入萧县，至刘土楼东北流入铜山县，是淮河与沂、沭、泗河水系的分水岭，在萧县境内长48公里，集水面积181.2平方公里。黄河故道由于高出地面，仅能排滩地之水。沦陷前，故黄河南堤在严公沟决口，滩地北部之水，由此漫流堤南，致使利民沟两岸及岱湖所有农田，受到严重洪涝灾害，有的颗粒无收，1949年冬，治理桂公沟并堵复阎公堤。1975年12月挑挖故黄河蓄水工程，1977年5月完成，长15公里，投资45.7万元，设计灌溉6万亩。沿岸建大小抽水站7处，在三大家村北建控制闸一座，以变害为利。
但由于废黄河南界线（故堤）未能封闭，黄水南下，造成闸、黄、龙、岱等河水系混乱，影响对4条河道的全面规划，根据淮委规划及1953年以来萧、铜两县多次协议，确定闸河西堤以东径流入闸河，山水不西流，黄河高滩径流不南下；半步店以南来水入龙河；半步店北以北来水入岱河。目前，尚存在闸、黄水系混乱的问题，若边界滩水南下，势必影响闸西大堤和岱湖洼地区的安全。