皇藏峪自然保护区有3100多亩天然次生林，棲栖着较多的鸟兽，基本上反映了淮北地区暖温带生物群落的面貌。
植物
木本植物有54科、110属、119种。其中黄刺莓、杂氏灰栒子、毛掌叶锦鸡儿、锐齿鼠李、黄栌等树种，为1981年管店林业学校调查时首次在安徽省发现。（详见林果志）
草药有虎掌、半夏、透骨草、阴行草、徐长卿等。（详见卫生志）
动物
1.鸟类：
有留鸟17种、夏候鸟20种、冬候鸟3种、旅鸟17种，隶属于12目、26种。留鸟有石鸡、珠颈班鸠、翠鸟、星头啄木鸟、大嘴乌鸦等。其中石鸡为1979年安徽大学调查时在省内首次发现，也是此鸟在国内的最南分布界限。夏候鸟有粟苇鸻、火班鸠、四声杜鹃、鹰、黑枕、黄鹂、黑卷尾、寿带等。
在皇藏峪繁殖的鸟类共有38种，其中古北区鸟类23种，如山鹡鸰、北灰鹟、三道眉草鹀、麻雀、灰喜鹊等，属该自然保护区的优势鸟种，东洋区鸟类15种，最近又发现一种大型乌类鹈鹕。
2.兽类：
有水獭、黄鼬、狐狸、狼等。