本县属淮河流域。秦汉时汴水经萧东流，在徐州东北角汇泗（水）入淮。汉末黄河入汴，汴渠淤塞。南宋刘峪北伐灭后秦，疏浚汴渠，此后汴渠通塞交替。隋炀帝大业元年，开凿通济渠，自商丘南向东南经永城、宿县、灵璧、泗县入淮，原汴渠经萧、徐入泗、入淮者渐微。
宋建炎二年（1128），黄河南徙，夺汴入淮，正流南侵北趋，无固定河道。明弘治年间筑北堤，万历年间筑南坝，使黄河固定经萧、徐由汴入泗，由泗入淮。
清咸丰五年（1855），黄河于河南兰考铜瓦厢（今兰考东坝头）决口，夺大清河、经章丘穿运河，在山东利津入渤海。改道北徙后，原河道淤废，给萧县留下了比堤外平原高5—9米的故道高地带。原来北流注获（即汴水）的濉水，变成南流入淮，其他河流皆因无水源而成为间歇性、季节性河道，水系紊乱，旱、涝、洪、渍频仍。
清末至民国年间，治理了龙、岱、奎、减诸河，但没有解决水的出路问题。新中国成立后，调整、疏通了河道，开挖了萧濉新河，经萧濉新河可将水排入新汴河。全县现有河道15条，即龙河、岱河、闸河、大沙河、利民沟、洪河、减河、洪减河、港河、湘西河、毛河、倒流河、萧濉新河、王引河、东倒流河，总长439679公里，除东倒流河属奎濉河水系外，其余均属新汴河水系。