明朝初年萧县领四乡。明正统《彭城志·萧县卷》载：“今析宿州符里县仁智等三乡属焉，今领七乡。”辖77村。疆域东接徐州界，西抵归德州夏邑界，南连宿州，北控滕县。南北长110里，东西宽240里。
都仁乡在县东南，辖龙岗村、冲团村、马团村、吾团村、董团村、范团村、逐沟村、永堌村、庄里村、陶墟村、留町村、东册村、夏町村、青塚村、北昊村、暑兰村、石沟村、醴泉村等18村。
仁智乡在县南，辖徐暨村、孟城村、刘町村、黄倍村、徐里村、留茄村、滂汪村、罗里村、时村、浮绥村、北朔村、租里村等12村。
红亭乡在县西北，辖杨家寨村、李家庄村、鸿沟村、宋册村、曲里村、淇沟村、东镇村等7村。
仁寿乡在县西南，辖朱丁村、郭城村、钢锺村、薛村、瓦子村、中团村、东馀戚村、留村、剑鸣村、青里村、斜沟村、堰头村等12村。
乐善乡在县北，辖梁果村、班鸠村、秦村、丁穆村、雁门村、杨村、北城村、吕里村、辛彭村等9村。
里仁乡在县东南，辖帽山村、武薛村、丁里村、幛山村、永宁村、烂石村、姬村、祁村等8村。
孝义乡在县西，辖黄白村、朱村、杨村、桃中村、东苗谷村、西苗谷村、姬家村、白帽村、赵家圈村、开荒村等10村。
清同治末（1875）辖8乡，编户37里。
在坊乡在县治西北，接铜山界。北沿废黄河，斜长90里，编户三里。辖穆家集寨、权家楼寨、常家楼寨、郝家集寨、王迁集寨、李新庄寨。
乐善乡在县城东北，东界铜山、北逾黄河，东北斜长60里，编户三里。辖姚家楼寨、刘家套寨。
里仁乡东限天门山，西南逾龙山河，东南界宿州，斜长60里，编户三里。辖孤山寨、刘家寨、毛家营寨、杜家集寨、永堌寨、白顶山寨、小时村寨。
孝义乡东逾大沙河，故道北沿，故大河南堤，西界砀山，南抵蒋沟，东西40里，南北40里。辖李老庄寨、黄家口寨、陈土楼寨、黄家坝寨、刘家店寨、韦家道口寨、东镇寨、张破楼寨、曲里铺寨。
红亭乡东距大沙河畔，西南界永城，东西40里，南北30里。辖王家寨、吴家丛林寨、祖家楼寨、甘楼寨、孙楼寨、李石林寨、朱家楼寨、武家楼寨、张新集寨、袁家围寨、张小阁寨。
仁寿乡东抵城西诸山，西北界水城、西南界减水河，东西60里，南北40里。辖陶家楼寨、韩家庄寨、陈腰庄寨、红庙寨、蒋沟崖寨、大吴集寨、刘蛮寺寨、张家大屯寨、北王楼寨、李楼寨、洪河集寨、张庄寨、西杜集寨。
都仁乡北限桃山，南界宿州，西距永堌东山，东界灵璧，东西90里，南北30里。辖贡山寨、冲町寨、云衢寨、白土寨、卯山寨、郑庄楼寨、纵家楼寨、吴韩庄寨、阎家庄寨、褚兰店寨、营里寨、火盆寨、鲁家山寨、李家院寨、高墙寨、前程寨、后程寨、东平山寨、官庄寨、沟上寨、时庄寨、上马台寨、张山寨、青塚湖寨、东夏寨、湖树寨、卞家庄寨、夏町寨、凤凰山寨、桂家山寨、杜家楼寨、韩大庄寨、孙小庄寨、尠沟寨、赵家楼寨、李家古寨、寺后村寨、桃山寨、胡新庄寨、曹家村寨、陈町寨、阻沟寺寨、山套桃楼寨、杨家楼寨。
仁智乡东北限冒山，西南界宿州，东西60里，南北40里。辖丁里寨、孙家庄寨、周家洼寨、瓦子口寨、冒山店寨、朔里店寨、段庄寨、周土楼寨、宫搂寨、南王楼寨、鲁菜园寨。
中华民国20年（1931），辖十个区，211个乡，36个镇，3446闾，16664邻。
第一区驻萧城，辖15个乡，5个镇
明山乡、岱山乡、三里乡、黄桥乡、许堂乡、太保乡、欧集乡、芦庄乡、毛营乡、兼葭乡、姚楼乡、牛眠乡、集贤乡、桃园乡、兴隆乡、城西镇、西南镇、东南镇、西北镇、东北镇。
第二区驻朔里，辖30个乡，两个镇
梧桐乡、时村乡、白土乡、石台乡、丁庄乡、新安乡、固宁乡、柿园乡、杜集乡、新民乡、滂汪乡、罗里乡、高岳乡、钱楼乡、刘楼乡、坡里乡、段庄乡、山窝乡、毛寨乡、窦庄乡、丁里乡、帽山乡、瓦口乡、白楼乡、淇河乡、沈宫乡、陈谷乡、蔡洼乡、瓦房乡、黄湾乡、永堌镇、朔里镇。
第三区驻王寨，辖15个乡，7个镇
子观寺乡、大演武乡、蒋楼乡、程新庄乡、孙庄乡、袁楼乡、胡王庄乡、殷庄乡、王洼乡、孙楼乡、王桃园乡、前石桃园乡、戴柿园乡、武双楼乡、徐油坊乡、吴丛林镇、郭楼镇、孙圩镇、周圩镇、周土楼镇、祖楼镇、王寨镇。
第四区驻张庄寨，辖29个乡，一个镇
王桃园乡、张寿楼乡、青柳园乡、于庄乡、孙庄乡、鲁菜园乡、孙楼乡、高窑乡、赵破楼乡、高庄户乡、张庄乡、青龙集乡、张小阁乡、胡楼乡、陈庄乡、武楼乡、陶楼乡、洪河集乡、南王楼乡、袁圩乡、穆寨乡、姜庄乡、守备庄乡、相山庙乡、朱大楼乡、王楼乡、张新集乡、屈楼乡、王白楼乡、李石林镇。
第五区驻张大屯，辖22个乡，两个镇
镇南乡、新成乡、生安乡、港西乡、侯楼乡、乐安乡、夹港乡、三楼乡、文华乡、海东乡、界豫乡、三界乡、滩南乡、河南乡、小堤乡、镇河乡、东镇乡、道南乡、道口乡、堤坡乡、夹沟乡、朴楼乡、平民镇、安吉镇。
第六区驻陶楼，辖18个乡，7个镇
红庙乡、东北乡、滨河乡、夹堰乡、西南乡、堰西乡、自治乡、互助乡、汴河乡、镇西乡、纪律乡、维新乡、王洞乡、启新乡、南屏乡、觉悟乡、中央乡、富庶乡、孟庄镇、陶楼镇、陈腰庄镇、马阁镇、曲里镇、韩庄镇、穆集镇。
第七区驻郝集，辖21个乡，两个镇
长安乡、吕闾乡、桃园乡、夹河乡、裕民乡、河套乡、河上乡、管粥乡、环河乡、滨黄乡、集贤乡、古城乡、滨湖乡、岱北乡、利民乡、车站乡、故堤乡、沉宋乡、新河乡、河南乡、梁河乡、志城镇、雁门镇。
第八区驻黄口，辖30个乡
堤南乡、河东乡、夹沟乡、沙屯乡、西北乡、桂公乡、堤平乡、坡河乡、站东乡、东南乡、宜梨乡、河北乡、土山乡、古柳乡、河阳乡、沙河乡、沟头乡、站南乡、平河乡、利民乡、沟北乡、黄镇乡、古屯乡、堤河乡、沟南乡、堤北乡、夹河乡、集中乡、站北乡、站南乡。
第九区驻曹村，辖18乡，两个镇
孤山乡、欧盘乡、卢村乡、白圩乡、杜庄乡、戴村乡、张庄乡、陶墟乡、新民乡、城阳乡、锺毓乡、尠沟乡、白庄乡、胡庄乡、马湾乡、赵楼乡、醴泉乡、龙泉乡、曹村镇、官桥镇。
第十区驻褚兰，辖17个乡，3个镇
白庄乡、李院乡、陈町乡、赵庄乡、杨楼乡、冯庄乡、郑庄乡、云衢乡、褚兰乡、桂山乡、鲁山乡、瑚树乡、上马台乡、小马庄乡、营里乡、青塚湖乡、前程乡、张山镇、贡山镇、冲町镇。
民国23年4月1日，10个区合并为5个区。一、六区合并为第一区，区公所驻县城，辖2个乡镇，557闾，2420邻，14816户。二、三区合并为第二区，区公所驻瓦子口，辖27个乡镇，811闾，4039邻，21788户。四、五区合并为第三区，区公所驻袁圩，辖20个乡镇，711闾，3665邻，18861户。七、八区合并为四区，区公所驻黄口，辖22个乡镇，983闾，4114邻，20327户。九、十区合并为五区，区公所设于望州，辖18个乡镇，534闾，3020邻，14954户。连同梅村实验乡共108个乡镇，3576闾，17263邻，90746户。
民国23年4、5月，清查户口、编组保甲、取消闾邻。全县分5个区，108个乡镇，1095保，10828甲，居民112344户，560339人。
抗日战争时期，本县先后建立抗日民主政府、国民党县政府、日伪县政府三个县政权及其管辖的区、乡政权，辖区时有变动，基本为10区、108乡镇。
解放战争时期，国民党县政府驻龙城镇。人民政权曾建萧县、萧铜县、萧宿县，并一度建立萧宿永县。萧铜县辖第十区，萧县辖新置的石林、袁圩、大屯、王寨、祖楼、红庙、东镇、龙城、穆集、天门、坡里、蔡里12区，萧宿县成立后，将一、二、九区和蔡里区归属，当时处于游击战争环境，边境没有一定界线，只有一个大体划分。
民国35年全县辖10区、108乡、1121保、12343甲。
民国38年县境解放，置10个区，1个县属城关镇。
10个区是龙山区（驻太保庙）、朔里区（驻朔里）、王寨区（驻王寨）、石林区（驻崔口）、大屯区（驻赵庄）、陶楼区（驻陶楼）、路西区（驻大北望）、郝集区（驻郝集）、黄口区（驻黄口）、曹村区（驻白土、后迁戴村）。
原祖楼区并入王寨区。袁圩区大部并入石林区，小部并入大屯区。红庙区并入陶楼区。同年秋萧铜县撤销。棠张、褚兰区划归萧县。全县共12个区、208个乡、1494个行政村。县境南界宿西（今濉溪），西界永城、砀山，北界山东华山县（今丰县南部）、铜北县，东到徐州东南棠张区的潘棠、房村一带，与灵璧县连境，面积2834平方公里。