影响宿县地区农业生产的自然灾害主要是旱、涝，其次是霜冻、寒潮低温连阴雨，干热风、冰雹等。旱、涝在本区出现的频率高，范围广，灾情超过其他自然灾害。据建国以来的统计，涝年明显多干旱年，大涝年平均五年一遇，偏涝年三年一遇。1954年8月，本区发生百年未有的大水，百万亩农田被淹，全区数十万民工奔赴淮河大堤抢险，半数群众受饥荒威胁。1963年夏，全区暴雨成灾，百余处河堤决口，全区大部分地区一片汪洋，公路冲断，交通阻隔，村庄浸于洪水，人们筑巢而栖，人畜均有伤亡。1982年7月，新汴河水位曾达津浦铁路水位警戒线。大旱十年一遇，偏旱年一般是北部多于南部，相对泗县较少，而砀山较多。1978年夏秋间，全区大旱，中、小河道干涸，新汴河涉足可渡，濉河断流。不少地方，人畜吃水困难。
霜冻寒潮：霜冻寒潮给本区农业造成的最大危害有两次。1953年4月12日凌晨，骤降苦霜，使全区小麦普遍受冻，已拔节分蘖的麦苗如水煮，阳光一照，遍地枯黄。二次1987年11月27日下午，雪雨交加，冰冻随至，气温持续低于零下11℃周余。全区蔬菜损失数百万斤，油菜及刚出土的麦苗冻死过半。
连阴雨：本区连阴雨多出现在春、夏和秋季，其中春秋连阴雨常伴有低温的危害，造成低温连阴雨，时间大致在3月下旬至4月底，正值小麦拔节、油菜开花和棉花播种季节，因而对农业影响很大。但本区早春连阴雨，阴雨型多于低温阴雨型，北部地区一般10年一遇，中部5年一遇，南部3年一遇。而低温连阴雨型北部26年一遇。中部10年一遇，南部6年一遇。多为4至5天的短期连阴雨，总雨量的变化幅度也较大，少则10至20毫米，多则可达100毫米以上。夏季连阴雨，出现时间为5月下旬至6月中旬，正是油菜、小麦收割和玉米、大豆的播种季节，夏季连阴雨的次数比春季连阴雨少，大多为短期连阴雨，6天以上的连阴雨较少。全区六月上旬出现3至4次，即十年一遇。连阴雨总量比较大，一般都在30毫米以上，其中有三分之一超过100毫米。1971年6月8日至14日，泗县连阴7天，降雨总量230.6毫米，是解放后本区最大的一次夏季连阴雨。秋季连阴雨出现时间是9月下旬至10月下旬，是本区秋季收种主要时间，对棉花、大豆、山芋等晚秋作物的产量和质量有很大影响。本区中部地区连阴雨次数最多，北部最少。砀山三年一遇，宿县三年二遇。全区性连阴雨出现在1955、1971、1975年9月下旬，历年最长连阴雨为8天。秋季连阴雨伴随的低温天气，给农业的危害较大。
冰雹：本区在春夏之交和夏末秋初，常发生雹灾，当地降雹区多呈分散的片带状。冰雹主要路径有5条：一从砀山向东南侵入宿灵、泗县；二从萧县南部侵入宿县中部；三是从濉溪的北部向东南侵入宿县南部；四是从灵璧北部侵入五河；五是从泗县的西北部向南侵入固镇东部入五河。冰雹灾发生的时间短促，来势凶猛，强度大，常伴有狂风大雨，对农作物的危害极大。1974年5月23日下午，灵璧县尹集区东风村降雹，历时30分钟，冰雹直径一般3至4厘米，最大直径7至8厘米，平均积雹20厘米深，时值小麦乳熟到腊熟期，小麦全部被打倒在地，颗粒无收，春播棉花、玉米全部被打光，是建国以来，本区雹灾最严重的一次。雹灾多发生在5月中旬，其特点，温度高，湿度小，蒸发大，有每秒3米以上偏西（西南或西北）风而形成。全区20年内重型二年，为10年一遇；轻型16年四遇，典型的有1960、1962、1965、1968、1975年。
干热风，主要影响小麦灌浆和正常成熟，受灾小麦籽粒干瘪，千粒重低，轻灾减产5—10％，重灾减产10—20％，甚至减产及半。
宿县地区历史上发生较多的自然灾害，还有蝗虫、瘟疫和地震，建国后，本区多次发生大面积蝗灾，往往成片的禾苗被食之殆尽。1960年，宿县老汪湖发生大面积蝗虫，省人民政府派飞机至该地喷药灭蝗，效果显著。自70年代后，已很少发生蝗灾。但70年代以来大袋蛾在本区蔓延成灾，泡桐树受灾犹重。入夏后，大部分地区的泡桐树叶几乎被吃光。
本区历史上，地震造成的灾害，亦较严重。各县旧志均有记载，仅明、清两代较大的有感地震就有12次之多。如：“明嘉靖十六年（1537年）4月5日戌时，灵璧地震，宿州有感，墙壁倾侧，当夜子时复震尤甚”，又如清康熙六年（1667年）6月17日戌时，山东郊城地震，“有声自东北来，宿州墙倒屋塌，伤人无数”。建国后又多次发生有感地震，最近一次为1983年11月7日，凌晨5点9分，固镇地震，全区有感，房屋摇晃，人皆惊醒。