一、航道
境内主要航道有淮河、涡河、茨淮新河、符怀新河。
淮河：南从常坟区南湖村入境，过荆、涂山峡折东经蚌埠闸出境，境内长39.5公里，河面宽500～1000米，一般水深5～10米，可常年通航300吨级货轮。
涡河：西从龙亢区炮台沟入境，至县城东北入淮，境内长55公里。近百年来，因黄河多次泛滥改道，至使河道淤塞严重。建国后，经清障、疏浚、裁弯、取直，正常水深已达5～8米，上游可达蒙城、涡阳，常年通航百吨级船舶。
茨淮新河：1971年开挖，全长137公里，县境段长40.2公里，流经回汉、甘刘、万福、兰桥、柳沟等乡，河宽300米，水深5～10米，常年通航200吨级船舶。
符怀新河：1958年开挖，自涡河老河湾起，向北于固镇县境内入浍河。县境段长20.4公里，河宽50米，水深5～10米，季节通航。
二、港口
县境现有港站7个，年货物吞吐量约55.7万吨。
怀远港位于县城涡淮三角地带，东距蚌埠市14公里，为我县最早形成的港口。
客运码头原在外河口（涡河入淮处），1959年迁至水门口，新建码头岸壁70米，配24米混凝土趸船一艘，铁质跳板一块。1974年建旅客候船室，面积240平方米，备有木条椅，可供近600名旅客休息。
建国前只有自然坡岸货运码头，南起上洪，北至涡口，向西透迤达龟山头长约4000米河岸，皆可舶船。30年代初，美国人在小东门外淮河沿，修台级式和直立式浆砌块石专用码头两座，时称“洋码头”，建国后经过扩修，一度用作蚌怀公路的轮渡码头。1965年公路改道，改为民用渡口。同年县化肥厂在荆山南麓淮河沿建直立式水泥码头1座，长40米，可供200～300吨级船只停靠。另河北小街码头，长50米，可停靠300吨级船只。厂矿企业的煤炭、竹木等专用码头，均可停靠百吨级船只。
1984年，国家投资105万元，在涡河小渡口修建“重力式沉箱码头”1座，1985年竣工，岸线长200米，前沿水深3～5米，能停靠500吨位的驳船，库场面积17500平方米，有吊车设备，装卸便利，年吞吐量40万吨。
常坟港位于县城南26公里的淮河西岸，南距淮南市田家庵20公里，原为渡口。建国后设客运分站，1981年修建直立式码头40米，有24米混凝土趸船1艘。货运为自然坡岸码头，可停靠100吨级船只，年吞吐量5万吨。
龙亢港位于县城西46公里的涡河北岸，属自然坡岸码头，可停靠100吨级船只，抗日战争时期，为皖北盐、粮、百货中转集散地。1985年吞吐量约5万吨。
上桥闸跨茨淮新河，距县城10公里，船闸两侧设立式码头，可停靠200～300吨级驳船，年吞吐量约7万吨。
三、渡口
境内涡河、淮河、茨淮新河横贯全县南北，河面宽阔，除部分桥梁可通外，其余全靠渡运。现涡河段有渡口35处，淮河段有9处，茨淮新河段有20处，计64处。
（一）淮河主要交通渡——上洪渡口
此渡口位于涂山脚下，左岸在上洪村，右岸在县城南仓村口，始用于宋宝祐祐五年（1275年），初为私渡。民国九年（1920年），蚌阜公路通车后，改为官渡，隶属蚌埠航运站。备人力木制平舱船二只（时称大码船）日渡车辆数十辆。民国二十年（1931年）美国基督教会出资筑成混凝土台阶码头。抗日战争时期，由日伪水上稽查队接管，常驻1个班。抗战胜利后，改由蚌埠淮河航运管理站管理。建国后，由怀远县航运站经营。50年代中期，由于运输量不断增加，渡船改用小火轮拖带，日客流量近千人，车流量约100余辆。1959年蚌埠淮河大桥建成后，客、货车辆改道，上洪渡口改为农渡。1982年县人民政府为方便淮南线运输，拨款恢复轮渡，1983年渡口由上洪乡农民承包。现有钢驳1艘、木机船1只、小木船8只。日客运量5000余人次，车流量近百辆。
（二）涡河交通渡——文昌阁渡口
此渡口右岸在小街、左岸在县城文昌阁，是沟通城乡的主要渡口。始用于宋宝祐五年（1257年），初为私营渡口。民国年间由保公所经营，有木船多只。抗日战争期间，由日伪水上稽查队管理。抗战结束后，由城关区建国镇经营。建国后，由城关区引凤乡接管。1959年蚌埠淮河大桥通车后，蚌阜公路客货车辆由此渡运，增加渡运设备，改为轮渡，由县交通局直接管理。日渡客货汽车与大中型拖拉机300余辆，年客运量200万人次。1964年涡河大桥建成通车，轮渡停运，改为农渡，管理权转交城关镇引风办事处。此渡口现有钢驳3艘、木船9只，日客运量仍近万人次。
（三）涡河农渡——龙亢渡口
此渡口位于龙亢镇口，清末时有浮桥两座，后被水毁。民国初年改用船渡。抗日、解放战争时期，龙亢镇为豫皖苏区主要抗日根据地，龙亢渡口位处国统区、解放区、沦陷区交界处，川、陕、鄂、豫等省商贩为牟取厚利，多冒险到此交易，时龙亢镇有“小上海”之称，日客流量在万人以上，抗战胜利后冷落。建国后，随水陆交通运输量的增加，龙亢渡于1981年由县拨款4.2万元，地方筹款3千元，购置小火轮1艘，建筑新码头1座。此渡口现有水泥驳船一艘、机动钢驳一艘、木船12只。日渡机动车辆50余辆，日客运量近5000人次。
四、水运工具
建国前涡淮流域的木帆船，船型基本相似，船长约7～10米，宽2米，头平尾翘，独桅或双桅，吃水浅，稳性好，一般载重10～20吨不等，适用于内河航行。此外，客籍船有尖头划子、对联划子等。建国后，县航运部门不断对船舶进行更新改造，绝大部分木船已被新型机动船所取代。现主要船舶类型有：
（一）挂机船，船尾部装有5～12匹马力的柴油机和一部挂桨机，靠机械操作航行，70年代初引进。
（二）水泥机驳，钢筋水泥船体，头微翘，尾稍平，船身长10余米，舱深，有货舱、机舱、驾驶室，1971年引进。1972年县水运公司船厂开始自行设计制造，承载量60～100吨。
怀远县渡口、渡船一览表


（三）拖轮头高，尾低、身短，前上部为驾驶室，后底部为轮机室，马力大，航速快，液压控舵，机械起锚，装有三色指示灯，为现在航运中主要工具。
（四）趸船身长，面宽，专供轮船停靠，大小不等，有木质、铁质、钢筋混凝土三种结构。
此外，还有渔民用的渔划子、渡口用的小划船、小型轮驳、旅游艇等。
五、运输
（一）客运
火轮客运始于清光绪三十三年（1907年），由正阳关始发，终点蚌埠。宣统元年（1909年），
部分年度水上运输量


蚌埠利淮轮船有限公司购买“济淮”、“皖北”、“正阳”三艘轮船，经营蚌埠至正阳关、蚌埠至怀远客运。民国二十一年（1932年），蚌埠成立“轮业公票处”，在怀远设立办事处。蚌怀短班轮船，日往返10次，客流量约800人次。民国二十四年（1935年），因“江宁”轮锅炉爆炸，50多人伤亡，乘客一度锐减。民国二十八年（1939年），日伪成立蚌埠“内河轮船公司”，怀远设站，恢复蚌正、蚌怀客运线。抗战胜利后，蚌埠“江淮轮船公司”接办营运，出入旅客日平均近千人次。
建国后，省淮河航运局成立，1950年恢复蚌怀、蚌正航班。1953年开辟蚌蒙航线。1979年5月，开辟通往茨淮新河的蚌阚（疃）航线，年客运量，起伏不定，从1956年至1980年，长期徘徊于三四十万人次，最高为1971年，达64万人次。1981年始，客运量日趋下降，至1982年底，客运量平均年降低5万人左右。客运下降主因淮河蚌埠闸碍航、上下游落差很大，船只进入船闸后，蓄水、排水，加长了旅途时间，旅客多改乘汽车。
（二）货运
清末民初，至民国二十年（1931年）凤阳厘金局在县城外河口设置“大关”，拦河征税，不过关者可免征，因而涡淮沿岸，帆樯林立，泊船常达千艘，形成货物的集散地。上水货运以食盐、京广货为主，下水货运以粮食、山货、干鲜为主。县内有大小船行20余家，航线远至河南、江苏。抗日战争时期，县城沦陷，河道被封锁，仅存29艘小船，从事短途航运。抗战胜利后，商业形势稍有好转，对外航运亦稍有恢复。
建国后，1953年县人民政府对船只进行了定户口、定港籍、定航线管理，成立两个水运互助组。1956年建立水上运输合作社，有木帆船196艘，1623吨，社员1156人。1981年成立县航运公司，隶属县交通局，下辖15个船队，从业2760人。70年代，船舶向机械化方向发展，改造、购置机帆船与小拖轮，至1981年，全县货运船舶全部改为拖轮拖带或改为挂机船。1982年，农民个体专业运输业不断增加，运输结构发生变化，农副产品调运增加，航线延伸到上海、浙江、江苏，沿长江上溯至武汉。1985年货运量增至20.7万吨，较1950年1.8万吨，增长10.5倍，周转量6993万吨公里，较1950年9.1万吨，增长767.5倍。
六、管理
民国时期县境水上运输业由怀远县水上警察局和船舶管理所管理。
建国初，受怀远县民船公司和宿县地区航运办事处怀远联运站双重领导。1953年5月，民船公司与联运站合并，由“安徽省交通厅淮河航运管理局怀远航运管理站”统一管理。
1954年，航运站在贯彻“三统”（统一运价、统一票证、统一调度）的政策中，实行以计划运输为主，加强计划管理，组织货源，统一平衡安排。运力不足时，增派外地船只，运力有余时，船只外调。1979年设专职航政员，负责监督全县大小船只的安全生产，船只丈检、更新、改造、买卖、报废审批及船舶进出口签证登记，驾驶员和机务员的技术培训考核，调查处理县境发生的水上事故等业务。