民国二十年（1931年），县成立水利工程委员会，下设分会和堤工委员会，负责淮、涡河的水利建设。民国二十七年（1938年）后，黄河夺淮，沿淮各县设防黄工程处。当时日军侵占怀远，县政府西迁，未设防黄机构，至民国三十五年（1946年），始设防黄工程处，县长兼任主任，负责本县水利工程的规划和施工。淮、涡河干流的堤防涵闸工程由省淮域复堤工程局负责勘察、施工。
建国后，县人民政府设农建科，负责水利工作。1950年，县成立生救治淮总队部，负责以工代赈的治淮工程管理，有治淮人员近500人。1953年，国家治淮委员会设“北淝河除涝工程指挥部”，常驻本县，负责北淝河流域除涝工程和淮、涡堤防及芡、泥黑河流域的除涝工程。1955年，水利科改水利局，并成立治淮工程管理所。1963年后，随着机电排灌站的逐年增多，县水利管理机构逐渐分细，至1981年，县水利局下设机电排灌管理站、淮河修防所、水利建设工程队、勘察设计室等，负责全县水利工程的勘察、设计、施工和管理工作。