一、防治机构
建国前，县无畜牧兽医机构，解放初仅有民间兽医27人。1952年，建立畜牧兽医工作站，组织民间兽医，培训家禽防疫员，开展畜禽防疫工作。1955年，县农业局在火庙建立兽医联合诊所，开展畜禽防疫注射和巡回医疗。1958年，民间兽医发展到68人。1959年全县23个人民公社建立了兽医院，229个生产大队设立了医疗点，5个区农业技术推广站配备了专职兽医，民间兽医发展到154人。1963年，县建畜牧兽医协会，区建分会，有会员36人，公社兽医站发展到38个。1965年，全县有专职兽医180人。70年代，推行畜病合作防治，生产大队配备“赤脚”兽医。1979年，在职兽医发展到325人。
1985年底，全县有兽医站47个，畜牧医疗点104个，医药门市部12个，兽医382人，其中畜牧兽医干部48人，集体兽医334人。
二、疫病防治
县内畜禽疫病，主要有猪瘟、猪肺疫、猪丹毒、仔猪副伤寒、白痢；牛炭疽、气肿疽、口蹄疫、马鼻疽、马腺疫；鸡瘟、鸭瘟、兔病毒等。
1953年9月，上洪乡韩巷黄牛气肿疽流行，病牛93头，死亡7头。1955年，古城集大牲畜炭疽病流行，发病35头，死亡5头（吃畜肉感染3人，死亡2人）。
1966年后，口蹄病流行，面大，时间长，尤以龙亢、褚集二区严重。1970年，县革命委员会邀请省农业局、合肥市、蚌埠市家畜检疫站、安徽农学院师生、宿县专署农业服务站到怀远检疫防治。首在褚集、龙亢区设立消毒岗哨60处，采用封锁、消毒、检验、治疗等措施，再在全县巡回治疗，治愈病牛1205头，占病牛总数的71.9％；羊352只，占其总数的61％。1982年为各种畜禽150万头（只）注射疫苗，猪肺疫、气肿疽基本消灭。猪瘟、鸡瘟、猪丹毒、炭疽、仔猪副伤寒、鸡霍乱等主要传染病基本控制。1983年县农业畜牧局将每年5月10日、6月20日定为全县牲畜消毒日，鸡、鸭疫苗接种日。
为防止畜禽疫病传染，怀远于1956年即开展了健康畜禽的检疫工作，在畜禽主要入口处淮河渡口设立检疫哨，在全县34个主要集市设立检疫站。“文革”期间中断。1978年恢复。1985年，全县105个集镇，有84个集镇开展活畜检疫，63个集镇开展白肉检疫。