一、行政管理机构
蚌埠最早的卫生行政管理机构是民国14年(1925年)在警察厅内所设的卫生科,主要负责管理开业的医生和清道夫,对饭店、旅栈、浴业和妓馆、烟馆等公共场所的卫生也加以管理。民国29年,在蚌的伪安徽省政府设卫生事务所,主要管理开业医生,审查医师资格,办理开业执照,管理娼妓。饮食卫生与公共场所卫生仍由警察局管理。民国36年建市后,在国民党市政府民政科内设卫生股,有工作人员2人,负责管理全市卫生行政事宜。
民国38年初蚌埠解放,4月由市立工人联合医院代行部分卫生行政管理事宜。建国后1950年8月,市人民政府卫生局成立,下设医政科、防保科，工作人员10余人。1952年1月,改称市人民政府卫生科,原医政、防保科改为组。1953年,增设人事组,下辖5所医院,并将市清洁大队划归卫生科领导。1955年，卫生科改为市卫生局,设医政、妇幼保健、人事3个组。1956年,增设行政组、药政组、工业卫生组,工作人员18人。
1969年3月，在市革委会生产指挥组计划小组内设卫生业务小组,至10月，成立市卫生局革命委员会,设政工组、办事组、医药卫生组。1978年9月，称市革委会卫生局,到1980年9月，取消革委会建制,市卫生局隶属市人民政府领导。1985年，局设办公室、政工科、保卫科、总务科、医政科、防保科、药政科、科教科、计财科等部门,工作人员38人。
二、服务管理机构
市药品检验所建于1972年7月,隶属市卫生局领导,所址在今南山路中段,占地400多平方米。1978年，检验所新建四层业务、办公综合楼1幢,建筑面积1143平方米。该所是法定的药品质量监督检验的专业机构,设生测室、化学室、中药室3个专业检验室,负责对全市药品质量进行检验、监督和管理。1978年至1985年，共完成检品4768件,占全省检品总数的六分之一。1985年，全所职工22人,其中，药检技术人员14人,管理人员7人,工勤人员1人。
市医疗器械监修所创办于1978年1月,隶属市卫生局,协助局药政科对各医疗单位器械进行管理监督,同时开展器械维修服务工作。所址在东郊雪华乡,占地1800平方米,建筑面积732平方米,有平房34间。该所先后购置晶体管图示仪、电子管测试仪、高频信号发生器、示波器等测量仪器。1978年至1985年，共维修器械1762件。1985年，全所职工14人,其中，专业技术人员10人,行政管理人员4人。
市中心血站蚌埠最早的输血组织始于1953年的私人输血组,到1955年，设两个组,输血员127名。1956年，市卫生局将两个组合并,成立输血管理委员会,实行统一管理。1958年,市红十字会接管该组织,建立蚌埠红十字会助血委员会,配3名专职人员。1963年,增加2名负责献血技术工作的人员。1965年，该委员会撤销,成立自愿献血管理站,列入国家卫生事业编制,有职工6名,属市卫生局领导。1969年，管理站易名为蚌埠市中心血库,工作人员增至12名,其中医技人员5名。1979年，中心血库改为中心血站,成为全市献血、供血、储血中心,并兼有一定的管理职能。
公费医疗管理委员会1952年7月成立,首任主任委员倪柏年,委员由卫生、文教、人事、财政、劳动、宣传、工会等部门领导人担任,并设1名专职人员负责管理工作。该委员会于1973年撤销,改由市卫生局医政组负责公费医疗工作。1976年，恢复公费医疗管理委员会,有3名专职人员。1980年11月至1985年，为实行分级定额管理,在市第一、第二、第三人民医院各建立医院公费医疗办公室,并各增加4～5人开展此项工作。