医药商业机构建立之初，仓储条件简陋，库容面积严重不足，随着经营业务的逐步扩大，仓库储存条件也得到相应改善，截止1985年底，仓库建筑面积已达6743平方米，并建立一套完善的规章制度。1987年市医药公司获国家医药公司授予的“四好仓库”荣誉称号。在仓储管理方面，1957年二季度起实行仓库和批发部统一管理的办法，全面推行进货验收制、动态盘点制。1980年，在市区内，改用户提货制为主为送货制为主的供应方式，方便用户。1981年6月，成立经营管理科，设立中药、西药质量监督员各一人，加强药品的质量管理。1983年又组建质量管理科，设立药品检验室，配备分析天平、水份测量仪、酸度计、显微镜、双目显微镜等精密仪器，做到每批进货检验，库存定期抽验，建立质量检验档案，杜绝伪劣药品。在商品养护上，贯彻以“预防为主”的方针，使医药商品保持良好状态。