民国4年（1915年），在今港口二路北头，有程冠哲开设的“中医药店”、小王先生的“膏药店”。民国22年“同寿永药店”开业，店主焦良臣是一名中医，雇工3人，经营中药材及少量的中成药，自行加工炮制饮片，生意兴隆。民国31～32年淮南传染病流行，刺激了药业的发展，在此期间有“大生堂”、“天一堂”、“广济堂”等药店应运而生。以后陆续发展，到建国前夕，已有“同春和”、“老佛堂”、“大全堂”、“振义堂”等15家中药店。利用当地野生药材，有的药店自行收购，就地销售，少数中成药能自产自销。西药店在抗日战争胜利后才出现，有“五洲”、“华美”、“北京”、“山灵”、“福荫”、“人民”6家药房开业。经营小酊剂、片剂、注射剂和油膏等200多个品种，大部分从外地进货。
建国后，淮南医药商业日趋繁荣。1953年，在国营百货公司门市部设立医药专柜，经营一些常用西药，主要从蚌埠医药站进货。1955年6月5日组建了中国医药公司安徽省淮南市公司，归属卫生局领导，定为二级进货、三级销售，经营药品、医疗器械、化学试剂、玻璃仪器4大类，有职工28人，商品直接从一级医药采购供应站及产地二级站调入，供应市内医疗机构及寿县、颍上、霍邱、凤台4县。1956年，国家对资本主义工商业进行社会主义改造进入高潮，私营中西药店经过调整，分别成立公私合营的新药店和国药店，由公司派出公方代表任经理，私方代表任副经理。分散在市区的各药店也做了调整合并，改称门市部。
1957年3月1日，新建的淮南市药材公司开始营业。1960年9月，医药公司和药材公司合并，定名为安徽省淮南市医药公司，业务、财权属省公司，人事归地方。公私合营的药店转为国营单位，隶属卫生局领导，1964年又归划商业局。市医药公司1980年属市计划委员会直接领导，1981年又划归新建的医药管理局。1983年公司更名为淮南市医药采购供应站，1988年8月又恢复医药公司的名称。