建国前，私营药店手工制作丸、丹、膏、散、曲、酒等药品，产品自产自销。50年代末，淮南医药行业学习外地先进经验，先后开发了西药制剂、抗生素原料药和化学合成原料药等新产品。经过40年的努力，淮南医药工业已具相当规模。
1957年市药材公司成立，建立了中成药加工组，主管部门调派了技术干部，实行独立核算，当时能加工20余种产品，销售省内外。1958年4月，在全国各行各业大办工业的形势下，经市人民委员会批准，在药材公司中成药加工组的基础上，组建淮南市制药厂（即淮南市第一制药厂），生产品种有小儿奇应丸、六神丸等水泛丸和大蜜丸、人丹、药酒，生产工具简陋，工艺落后，当年完成工业总产值63600元，实现利润3300元。从此，淮南有了第一家制药企业。1970年，淮南市味精厂为了开拓新的生产门路，试产土霉素碱，并建设年产50吨土霉素碱的生产车间，当年即试车投产。1972年又开始卡那霉素的试验并获成功。市味精厂同时用市第二制药厂名，这是淮南第一家抗生素原料药生产厂家。
化学合成原料药，是从1970年在市第一制药厂西药生产车间的基础上不断发展起来的。1969年市第一药厂先后筹建年产120吨阿斯匹林原粉和年产30吨安乃近原粉2个生产车间，总投资130万元，投产后约占全省原料药生产总量的三分之一以上。阿斯匹林除国内销售外还出口东南亚地区。1970年9月安徽省生产建设兵团一师医院在制剂室的基础上兴办兵团一师制药厂，主要生产大输液、安妥明等。1975年兵团一师医院制药厂移交地方管理，更名为市第三制药厂。1981年7月，全国药厂整顿期间，市第一制药厂西药车间的部分人员、设备、资金、原材料以及在田东地区新建的合成原料药厂房等，并入市第三制药厂。同时市第三制药厂由卫校搬至田东。
1981年底，市医药局成立，对医药工商企业实行统一管理。市第一、二、三制药厂组建扶持起来的“五七”小厂经过整顿验收，先后上升为大集体制药企业，分别为现在的市第四、六、五药厂。70年代初期，淮南矿务局组建九龙岗煤矿制药厂，主要生产四环素原粉及其制剂品种，淮南油厂、淮南肉联厂、淮南酒厂等企业，为了搞综合利用，也相继生产少量药品，自产自销。
改革开放以来，全市医药工业企业共开发出数十个新产品。1979～1988年间，工业总产值每年以22.43%的速度递增。1990年共完成工业总产值22497万元，销售收入17647.93万元，利税220.27万元，固定资产原值5382.30万元，净值4270.78万元。