一、市卫生防疫站
市卫生防疫站始建于1953年5月，建筑面积450平方米。设卫生、防疫、检验、秘书4个组，有职工89人，主要开展一般性卫生监督和传染病管理。1987年有职工162人，专业技术人员占88.9％，其中具有高级技术职务者7人，中级技术职务者32人。设办公室、政工科、行政科、防疫科、结核病防治科、检验科、消毒杀虫科、食品卫生科、环境卫生科、儿少卫生科、卫生宣传科、地方病防治科、计划免疫科。建筑总面积达9734平方米，拥有751一紫外分光光度计、岛津紫外分光光度计、食品卫生理化微生物快速检验箱、酶标仪、二氧化碳分析仪、超声显像仪、PCR-DNA扩增仪、原子分光光度计、气相色谱仪、低温冰箱等仪器。
市卫生防疫站成立后，着力加强对传染病的防治及卫生防疫工作，取得显著成效。50年代消灭了天花、鼠疫等甲类传染病；60年代消灭了头癣；各类急慢性传染病得到有效控制。白喉1984～1990年无发病；脊髓灰质炎1990年无野毒株病例发生，达到基本消灭的目标。80年代后期以来，连续3次通过联合国世界卫生组织儿童计划免疫接种率考评。全市生活饮用水卫生、公共场所卫生、化妆品卫生、学校卫生监督监测工作水平显著提高。
二、矿务局卫生防疫站
1950年矿务局干校培训公共卫生护士30人。1951年夏，淮南矿区成立卫生工作队。1952年淮南矿工医院成立卫生科，并在九龙岗、大通、蔡家岗、新庄孜成立4个卫生工作组，工作重点是预防接种、环境及家庭消毒、灭蚊、灭蝇等。1952年1月成立各矿卫生工作队（组），负责各矿卫生防疫工作；是年，在九龙岗矿、新庄孜矿举办大型卫生展览，主要内容是反细菌战、地方病防治、肠道传染病防治等。1953年，成立矿务局卫生处，各矿也先后成立了卫生科，同时撤销各矿卫生工作队（组），成立井口保健站。1955～1956年，根据矿区职业病特点，成立了结核病防治站。1957年又成立了地方病防治站。1959年，矿务局结核病疗养院成立，设床位150张。1963年10月淮南矿区矽肺疗养院成立。1965年撤销矿务局卫生处，成立了矿务局卫生防疫站，下设防疫科和劳动卫生科。1968年上半年，矿务局成立“六二六”办公室，卫生防疫站只保留11人，其余全部下放到各矿（厂）医疗卫生单位工作。1973年9月3日，恢复成立淮南矿务局卫生处。1981年2月恢复成立淮南矿务局防疫站，设卫生防疫科和劳动卫生科。1986年增设食品卫生监督检验所、检验室，有职工26人。