1950年大水，成立市治淮防汛指挥部，副市长方茂初任指挥，并设立前线防汛指挥所。1954年淮河特大洪水，市长段金波任防汛指挥部指挥，副市长方茂初任副指挥。
1960年以后，为便于防汛调配，扩大防汛指挥成员，吸收矿务局、武装部（军分区）、市农办（农委）、计划委员会、经济委员会、市水利、交通、邮电、城建、公安、物资、粮食、航运、农业等局，市供销社及市政府办公室的主要领导为市防汛指挥部领导成员。
1967年，改处室为组，增设保卫、安置两个组。1982年，黑李下段、老应段、田家庵圈堤移交城乡建设局管理，增设城市防汛排涝指挥部。
汛期，除市防汛抗旱指挥部外，市辖各区相应成立防汛指挥机构，区长任指挥。以行政区和厂矿为单位，组建一、二、三线防汛抢险突击队，确定人员名单上报市防汛指挥部或区防汛指挥所（部）。
1974年省防汛指挥部规定：淮河洪水位达到设防水位时每百米堤段上民工1人，负责巡逻检查；达警戒水位，每百米堤段上民工20人；达保证水位，根据汛情，增加人员。1982年规定：设防水位由堤防管理单位职工和护堤员负责巡逻检查；警戒水位时，每公里配备民工3～6人，并按每公里20～30人，组织基本抢险突击队，由区防汛机构统一抽派。上堤民工建立分段岗位责任制。
每年3～5月，由防汛、水利和堤防管理等部门，组织汛前安全大检查。以分地区、分系统自查为主，互查和重点抽查为辅。主要检查防洪工程及其岁修、加固工程的标准质量和进度；堤身雨淋沟、积水坑、粪坑兽洞、违章建筑等；河道、沟渠、城市下水道等阻水障碍物处理情况；水库除险加固的标准质量、进度和蓄水情况；抽水泵站、闸、涵等维修保养情况；工矿企事业单位破堤或穿堤工程的标准质量和进度；仓库、堆场防大暴雨防内涝的安全措施。物资、供销、商业等部门，汛前做好杉木、毛竹、木桩、草袋、芦席、铅丝、照明设备和材料等防汛器材的准备、调拨和供应工作，交通、运输、航运等部门，确保防汛器材的运送。防汛器材的筹集，确保堤由国家按计划调拨；行洪堤和生产圩堤，按“谁受益、谁负担、多受益、多负担”的原则自筹，特殊年份，由国家和地方财政给予适当补助。
1973年前，指挥防汛靠步行、自行车和租用船只。1973年，由窑河渔场调入2艘机动船，1980年，拨给凤台水利局1艘，市保留1艘作为防汛指挥船，时速20余公里。1987年4月由市财政拨款4万元，购置无线电小电台6套，车载无线电话机2台，手持无线步话机8台，防汛指挥车、船，安装了无线电通讯设备。防汛指挥部领导成员有了无线步话机。是年7月，无线电通讯扩大到五区一县防汛机构。同年省水利厅拨款4万元，购置两组三回路超短波电台，安装并入淮委微波网，从而以无线电设备沟通了上至国家水利部，下至各县区水利、防汛系统以及四周邻省、淮河中上游水文测报系统的通讯联系。可以随时了解沿淮各地的水雨情况和洪水流量，能够在36小时内，预报上游洪峰到达市境的时间、水位等情况，可以以最快的速度向市防汛指挥机构和领导成员提供准确的水雨情报，做到及时调度合理安排。
从建国至1990年，市境共发生1950年、1954年、1956年、1963年、1964年、1972年、1975年、1982年8次大的洪涝灾害，市委、市政府调动一切力量组织抗洪救灾，把损失降到了最低程度。