明朝中期开始，木帆船在淮南地区逐渐发展为重要的水上运输工具，六安山区土特产品通过木帆船运到洛河上市出售。但直至淮南解放前，水上运输仍是一家一船随水漂流，没有固定的港籍。解放后成立的港政府将分散的船民组织起来成立木帆船联运社。1952年11月省内河航运管理局规定，淮南地区30吨以上船只移交蚌埠公私合营船队（现蚌埠淮河轮船公司管理），30吨以下船只留在淮南参加地方运输，共计1024艘10300吨位。初成立4个水运合作社，以后又扩编为11个。
50年代，市大批船只投入到治理淮河工作中，船民除治理淮河以外还经常担负防汛抢险、救助灾民的任务。是时，淮南船只短缺，于是江苏、浙江、江西、山东、河南等省市和省内的船舶蜂涌淮南参加水上运输，木帆船各种船型聚集，主要有粮划子、摇船、湖船、对梁划子等30余种。
1962年，全市共有木帆船672艘9491载重吨。由于轮驳船投入使用，木帆船渐被取代，1978年，淮南市仅有木帆船50艘518.5载重吨，占淮南全部船舶的0.7%、载重吨位的0.14%。到1990年，木帆船全部被水泥船或钢质船所取代，结束了长达400多年的木帆船使用历史。