一、水面
全县水塘、水库、河流及所辖巢湖水域15万亩总计水面35.27万亩。1985年水塘养殖水面为7.1万亩；水库已养殖水面1.38万多亩，其中磨墩中型水库水面0.3万亩。巢湖水系的丰乐河、蒋口河、派河，天然捕捞和养殖条件均好，沿湖、河一带素称“渔米之乡”。丰乐河水质较肥，浮游生物和底栖动物丰富，栖息多种鱼类，四合、桃溪段是巢湖翘嘴红鱼白主要产卵地之一。巢湖为本县水产资源最丰富的水域，沿湖的滨湖、清平、刘河、丙子等乡有15个村，以渔业为主要副业。东淝河水系多为季节性河流，利用价值小。1985年全县已养殖水面(包括池塘、水库、水沟、稻田、其它)9.2万亩。
二、水生动物
鱼类有鱼是、银鱼、鳗鲡、鲤、胭脂鱼、鳅、鲶、鱼危、鱼将、合鳃、鱼感、鱼旨、鲡鱼、塘鳢、鱼段虎、攀鲈、刺鳅、鳢等18科，76种。主要有：
青鱼，亦名螺蛳青，青鲩(鱼军)俗名混子。食螺、蚬、蚌等软体动物。生长快，3年鱼可长至3.5～4公斤，为大型经济鱼类，最大个体重可达50公斤。
草鱼，亦称草鲩。幼鱼食动物性食料，长至5厘米长后食草为主。最大个体重35公斤以上，为本县主要养殖鱼类，能人工繁殖。
鲢鱼，色白形扁，细鳞肥腴，幼食浮游动物，成年食浮游植物。池塘养殖第二年即可上市，继续养到第三年可增长到4公斤，最大个体重可达20～25公斤，养殖普遍，可人工繁殖。
鳙鱼，亦名胖头，头大，背黑，鳞细。食浮游动物，3龄鱼可长至5公斤，为本县主要经济鱼类。
鲤鱼，亦名“红尾子”，可在各种水域中生活，食软体动物、水草、植物腐质残渣，生长快，个体大，为本县广布性鱼类。
鲫鱼，亦称鲫拐子，形似鲤而腹阔，脊隆，喜偎泥，杂食性，食浮游生物。属中小型鱼类，一般重0.25公斤，最大1.5公斤以上，肉嫩味鲜，现在品种较多，有引进的大板鲫，白鲫，以及通过变种培育的观赏鱼——金鱼。
三角鲂，亦称乌鳊，其状方，身扁，头小体高背鳍硬刺长大于头长，生活在水底中下层。3龄鱼1公斤，最大可长至5公斤，为上等食用鱼。各种水域有分布，为县人工饲养品种之一。
团头鲂，亦称武昌鱼、团头鳊，近似三角鲂，背鳍刺较短，尾柄高大于长。草食性，适应静水环境，在湖泊、水库静水中也能繁殖。中型鱼类，最大重3公斤，脂肪丰富，为上等食用鱼。
鱼白鱼，体延长，侧扁；口大，斜或上翘。常见的品种有：蒙古红鱼白(又称红梢、红尾)、翘嘴红鱼白(翘嘴鱼白)、红鳍鱼白(短尾鱼白)、青梢红鱼白等。主要生活在湖、河、水库，食鱼、虾、水生昆虫，为淡水养殖中的害鱼，水库养鱼多除之。肉质优良，人喜食。
鳜(音桂)鱼，也叫鳜巴子，扁形阔腹，大口细鳞，有黑斑、彩斑。肉无细剌，有肚能嚼，亦食小鱼。夏居石穴，冬日偎泥。肉鲜嫩，既是名贵鱼，又为害鱼，本县水库多产。
鲶鱼，亦称鲶胡子，口大、有须，身青白。昼伏洞穴，夜出觅食鱼、虾。常见重0.5～1公斤，最大3公斤。肉鲜嫩，剌少，鲶鱼烧豆腐为肥西地方家常名菜。
乌鳢，亦称黑鱼，乌鱼，体延长，亚圆筒形，青褐色，有纵行黑色斑块，喜偎泥，水干泥湿短期不死。亲鱼有守巢和护子的习性，人称“孝鱼”。性凶猛，主食鱼虾，亦为害鱼。细刺少，为炒鱼片最佳选料。
黄桑页鱼，亦称鱼央丝、鱼央，体延长，前部平扁，后部侧扁，无鳞，有背鳍硬刺，鳃两边各有一刺，主食底栖无脊椎动物。为中小型野生鱼类，各水域均产，上市量较大，肉细嫩，多脂肪，味美。
鱼感鱼，亦称“竿鱼”，体长，亚圆筒形，口大，眼小、鳞细，为大型凶猛鱼类，健游，常追捕鲢、鱼白鱼类为食，为养殖鱼类的一大敌害。1958年秋，芮店公社红石堰干涸，大队干部许某下堰捕鱼，被鱼感鱼撞下身致死。
银鱼，与毛蟹、白虾并称“巢湖三珍”。体小细长，活体透明如冰。寸鱼可捕，鲜食味美，亦可晒制鱼干。
湖鲚，俗称毛鱼，占巢湖总鱼获量70%，体形长而侧扁。多晒制成鱼干出售。
黄鳝，亦称鳝鱼、长鱼。体圆、细长，呈蛇形，尾尖细，体无鳞。穴居，夜出觅食，为肉食性，喜食蚯蚓，肥西稻田中极多，多用蚯蚓为饵钓捕，年产10万公斤，销往合肥、上海等地。1980年后人工养殖成功，清平等乡有专业户养殖。
泥鳅，鳞细小，表皮光滑，体长10多厘米，圆筒形，为小型食用鱼类。生活在淤泥的静止或缓流水体内，稻田、水沟、池塘均有其活动。春间，农村儿童多喜钓泥鳅，上市较多。
鳗鲡，亦称白鳝，降海性洄游鱼类，圆筒形，鳞极小隐于皮下。背侧灰褐色，下方白色，体无斑点，食小鱼、蟹、虾和小昆虫为主，分布在巢湖及其流域。
罗非鱼，亦称越南鱼，1980年后本县开始饲养，形似鲫，灰褐或暗褐色。食性杂，耐污耐低氧，适应城镇近郊养殖。鲦，体长，扁薄，小型鱼类。杂食，繁殖力强，生长快，遍于各流域，产量较高。
甲壳类主要为虾，蟹两类。
虾，1985年肥西年产296吨。种类有：日本沼虾，亦称大青虾，分布各水域，个体大，可制虾仁；秀丽白虾，简称白虾，是巢湖“三珍”之一，为肥西重要水产资源之一，晒干去皮便是“湖米”，即虾米，皮壳可制虾质酱油，味鲜。中华米虾，俗称草虾，喜在水草中攀爬，繁殖力强，产量较高。细足米虾，性同中华米虾。克氏赘虾，俗称大红虾，原产北美，后移植日本，再引入我国，壳厚、血红色，肉可食，营穴而居，对农业有害，本县多见，可人工养殖。
蟹，主要是河蟹，俗称毛蟹，螃蟹。肉鲜，为巢湖“三珍”之一。1962年巢湖闸未建前，江、湖洄游通道畅通，巢湖产量很高，以后，通道受阻，产量渐低。1973年后开始人工投放蟹苗饲养，每亩产50～100公斤。1985年产42吨。
其它龟，亦称乌龟，耐饥，肉可食，龟板可入药。鳖，亦称甲鱼、团鱼，生活在湖河池塘。谚语：“桃花水发滩上爬，夏日炎炎歇树间，九月重阳入水底，寒冬腊月钻深潭”。捕食螺、蚬、虾，喜食青蚯蚓、猪肝，尤其是臭猪肝，用以作饵，易捕。肉、壳均有滋补治病之效。软体动物有园田螺属、环棱螺属、螺蛳、福寿螺、三角帆蚌、褶纹冠蚌、无齿蚌、河蚬等，肉可食，肉、壳亦可作畜禽饲料。三角帆蚌育珠最佳。
三、水生植物
本县有挺水、浮叶、沉水、漂浮等维管束植物37种。常见的有：荸荠，各地有零星生产作为水果、蔬菜上市。芦苇，多种巢湖滩地防浪护堤，茎可编席，也可造纸，沿湖产地的农家多以编席为副业。1962年前沿湖芦苇甚多，建闸后，滩地淹水，生产渐少。菰，亦称茭瓜，多生长在池塘沟边浅水里，是独特的蔬菜之一。蒲草，多生长在水边湿地，茎叶可编制蒲包，雌花即蒲绒作枕蕊，也是高级纸浆的原料。莲，地下茎即藕，遍于肥西浅水池塘，为本县重要蔬菜之一。菱，即菱角，浮叶植物，各地均有，“中秋”前后大量上市，果实含淀粉，生、熟食均可。芡实，大型浮叶植物，茎可作蔬菜，果实外皮有刺，亦名“鸡头果”，含淀粉，可食。