市级卫生管理机构
1950年，合肥市人民政府卫生事务所正式建立，为合肥解放后成立的第一个政府卫生行政管理机构。1952年，该所改设为市人民政府卫生科。1955年，合肥市卫生行政工作任务增大，市政府卫生科改制为合肥市卫生局。“文化大革命”期间，市卫生局一度被撤销，改设市革命委员会生产指挥部卫生小组。1971年恢复卫生局建制，内设医疗预防、卫生防疫、医教科研、办事四个组和政治处，编制45人。1985年，合肥市卫生局内部机构改设科、室，人员编制增至70人。
区级卫生管理机构
1951年，市辖各区先后设立卫生所，为区级卫生管理和业务合一的行政机构。1961年，各区卫生所医疗卫生业务划出，改设为区政府卫生科。1979年，区卫生科改为区卫生局，行政隶属各区政府，业务接受市卫生局辖管，编制8～10人。