合肥解放前，城市没有上下水道，粪便、垃圾、污水塘沟随处可见，蚊蝇成群，疾病流行。
1949年2月，在合肥解放的第二天，解放军驻肥部队即派出大批干部，开展清理城区环境卫生工作。当时，以警备司令部名义筹建卫生委员会，并分区建立分会，迅速动员2200余人，不仅将贯穿城区的九狮河和市内主要水沟全面疏通，而且改良46口民用水井，训练了一批消毒员。1951年，市政府在各区相继成立卫生委员会，在居民组建立957个十邻卫生小组。当年6月1日至7月11日，全市开展以预防霍乱为内容的清洁卫生运动，有86.8％的市民注射了霍乱疫苗。1952年，全市人民投入反对美帝国主义细菌战运动，开展清除垃圾，疏通水沟，平整道路，改造私厕等活动。10月24日，合肥市召开第一届爱国卫生模范代表大会，表彰了一批卫生模范单位和模范个人。1953年，成立合肥市爱国卫生运动委员会。1956年后，市爱卫会配合《全国农业发展纲要(草案)》的实施，开展以除四害、讲卫生、消灭疾病为主要内容的爱国卫生运动。1958年，合肥市爱卫会提出大干50天，消灭“六害”的号召，全市党政军民20万人参加，组成1000多个突击队，向“六害”进军。1959年，成立合肥市除害灭病领导小组。
“文化大革命”期间，爱国卫生运动处于停滞状态。1967年春，合肥市流行脑脊髓膜炎，与发病较高的1959年比较，上升5.1倍；比1966年上升4.5倍。
粉碎“林彪、江青反革命集团”后，合肥市恢复开展爱国卫生运动。1978年，中共十一届三中全会后，合肥市健全了市、区、街道、居委会四级卫生管理机构，工作方向由组织一般性卫生大扫除活动，转向以综合治理为内容的城市卫生管理。这一时期的城市爱国卫生工作，重点是开展以防治肠道传染病为主要内容的除害灭病工作；在农村则主要开展“两管”(管粪便、管水源)、“五改”(改进厕所、畜圈、禽窝、环境、炉灶)活动。
1983年，全市推行“门前三包”(包卫生、包绿化、包秩序)责任制。1981～1984年，《合肥市人民政府关于城市卫生管理实施细则》、《合肥市人民政府关于禁止城市居民饲养家禽、家畜的通告》、《合肥市环境噪声管理规定(试行)》、《合肥市城市园林绿化管理暂行规定》等地方性卫生管理规定颁布施行。1983年后，全市连年组织开展突击灭鼠活动。1985年11月，市政府派出以副市长、市爱卫会主任江孝鸿率领的科学灭鼠工作考察组，赴大连、丹东两市学习科学灭鼠经验。其后，合肥市就灭除鼠害工作，进行科学论证和研讨，制定了“突击灭鼠，逐步达标，长期巩固”的方针。在此前后三年，合肥市累计灭鼠130余万只。是年，全省首次开展有规范性评比标准的省辖市爱国卫生竞赛评比活动，合肥市在此项竞赛评比活动中获第一名。