民国37年冬，淮海战役胜利结束，国民党安徽省军政人员在溃逃时，有计划地向合肥地区派遣了大批武装特务，汇合原潜留各地的散兵游勇、地痞流氓及反动会道门头目和恶霸，蓄意破坏交通、焚劫仓库、组织暴动、暗杀干部、散布谣言、扰乱人心，阴谋颠覆新生的人民政权。
1949年3月，在中共皖北区党委和合肥市委领导下，合肥地区开展了军事清剿与政治攻势相结合的剿匪反特群众运动。各级公安机关配合军事清剿，发动群众开展反匪反霸斗争，侦破审理匪特案件，贯彻惩办与宽大相结合的方针，分化瓦解匪特武装，开展政治攻势，深挖匪根，消除匪患，安定社会秩序。截至1950年底，在合肥地区共歼匪5510人，镇压了罪大恶极的匪首46人，缴获六○炮1门，机枪4挺，长短枪3534支，以及大批物资弹药，有效地维护社会治安，巩固了新生的人民民主政权。
1949年3月28日，皖西军分区发出《关于剿匪与整理部队工作的指示》，对各地剿匪的任务、方针、政策等提出具体要求。4月4日，中共皖西三地委向各县发出指示，要求在组织春耕生产的同时，严防匪特破坏，确保支前工作的顺利进行。5月，中国人民解放军皖北军区、皖北人民行政公署联合发布剿匪通告后，一场党政军民齐动员的剿匪反特斗争在合肥地区逐步展开。
一、建立剿匪指挥组织，实施军事打击。1949年6月初，成立了由皖北军区警卫团第二营和肥西独立团联合组成的“肥西剿匪指挥部”。7月，肥西独立团整编为六安军分区警备第八团，并调往外县剿匪。8月，巢湖军分区基于团两个营、庐江独立团、三河、无为大队参加肥西清剿指挥部，给匪特以沉重的打击。巢湖军分区警卫团三营进驻肥西，在7、8两个月中与匪战斗8次，毙匪25人，俘匪大队长孙树平以下54人。8月11日，巢湖基于团配合肥西武装在西道士山毙匪100多人，俘匪39人。8月28日在地方武装配合下，于防虎山活捉匪司令张纯和，击毙匪区长张束平等77人。肥西剿匪指挥部，在8月份歼匪220人。9月，省军区警卫三团在三十里岗活捉匪首周家峰，击毙匪41人。省军区警二团在东大圩、晓星集一带活捉匪首程玉山、王君川。在军事打击的同时，结合政治政势，加强对匪特的争取瓦解工作。据同年10月份统计，仅警二团就俘匪副专员郑良甫以下87人，争取匪营长孟凡舟以下85人，收缴炸弹117枚，长短枪1503支。
肥西被击溃的残匪部分窜至肥东，纠合当地残匪继续为非作歹，残害人民。1950年1月16日，肥东县成立剿匪委员会，并及时发布剿匪通令，采取军事打击与政治攻势相结合的方针，由皖北军区独立第三营、巢湖专署公安队，分别清剿散布在店埠、古城等地的“江北反共游击第五纵队独立第三支队”和活动在石塘地区的武装匪特。1950年8月，肥东剿匪部队击毙和俘获匪独立第三支队200余人，余者亦纷纷缴械。截至年底，肥东县剿匪部队共歼灭14股匪特组织，歼敌1500多人，其中有纵队副司令以下中队长以上匪首30多人，缴获轻机枪1挺，长短枪1400多支。
二、侦察破案，深挖隐藏匪特。1949年春，合肥及肥东、肥西县公安机关通过各种渠道，深入调查国民党特务组织和军、政、警、宪及反动党、团等组织情况，配合人民解放军在城乡发动群众开展剿匪反霸斗争，并严密监视匪特的动向，深挖隐藏匪特。仅半年时间，就破获匪“中国远东军369部队巢湖分区行动支队”、“华中剿匪义勇纵队第3大队”、“中美特训班行动总队”、“人民反共救国军苏浙皖总部独立第2支队”等特务组织，依法逮捕11名匪首。肥西县公安机关先后破获匪“长江上游挺进军江淮第一纵队”、“华中人民反共军江北第五游击纵队”等特务组织，逮捕了匪纵队参谋长孙建元、支队长郭汉卿，第五支队副司令陆广全等匪特首领。并破获以国民党团长王吉和为首的“苏浙皖人民反共救国军”组织，主要匪徒尽皆落网。据1950年6～12月不完全统计，肥西县公安局直接破获的匪特案39起，逮捕土匪77名，缴获各类枪支、手榴弹、粮食等大量物资。紫蓬区持枪叛变的乡农会主任万家洲，投敌叛变向土匪提供枪支的肥西县副县长张迈均落入法网。肥东县公安机关也先后侦破、歼灭匪“江北反共游击纵队第三独立支队”等6股残余匪特武装。
三、依靠群众，剿匪反霸。1949年8月25日，皖北军区发布剿匪动员令，要求党政军各部门精心研究匪情，了解土匪特点，从军事上有力地打击土匪。同时开展政治攻势，团结一切社会力量，从政治上有效地瓦解土匪，学会做群众工作，使群众成为剿匪的主要力量。各地抓住匪特抢粮、绑人、暗杀、拉耕牛及破坏生产等具体实例，召开公审会。另外还视情召开邻居会、匪属会等，晓以利害，指明前途，发动匪邻、匪属做规劝工作。仅1949年9月底，肥西县望舒、大黄、化岗3个乡，就有36名土匪缴械投诚。肥东古城区，在1950年8月下旬，有50余名匪特投诚。
1949年9月，肥西县委首先在长军区的吴山乡、长岗乡、双墩乡，官亭区的聚兴乡、农兴乡等17个重点乡进行反霸斗争，先后召开斗争大、小恶霸的群众会151次，数以万计的群众参加。县公安局组织干警参加农村工作队，采取“苦主串苦主”的办法，激发群众反匪霸的热情。10月28日，官亭区6300余人集结聚兴乡瑜家村，公审方开疆、江静云、江云生3名恶霸。群众愤怒控诉了他们勾结匪首小九勾子残害人命、强奸妇女、残酷剥削农民的罪行。程店区在中派河广场召开3500余人的反霸斗争大会，30余名苦主上台控诉恶霸李耀卿的罪恶。长军区长岗乡在斗争恶霸陈少堂父子时，先后有60多名苦主控诉了陈家勾结惯匪、图谋暴动、霸占土地财产、敲诈勒索等罪行。特别是自新土匪宋文和当场以铁的事实揭露陈通匪、窝匪等罪恶，使广大群众认清了恶霸的真面目，提高了思想觉悟，有的将恶霸地主分散在自己家的物资自动送到乡政府，并检举揭发。1950年春，六合乡惯匪沙振亮搞假自新携枪潜逃。贫苦农民张××由于平时受到区公安特派员的教育，多次反映沙匪的行踪，使混入芜湖一家毛巾厂的沙犯终被查获。据1949年10～12月统计，反霸斗争中，通过群众清算斗争363户恶霸、地主，查出散匪348人，争取自新土匪1188人，收缴长短枪347支。
在剿匪斗争中，合肥地区公安机关开展匪特分子的自新登记和管制工作。按照1949年颁布的《中共中央关于国民党及特务机关处理办法的规定》、《华东军区惩治土匪暂行条例》、《华东军区关于逃亡回归分子处理办法》，在市区设2个登记处，每处4个室，分别对反动党团特人员进行登记管理。截止年底，先后登记1511人，其中国民党区分部以上6人，三青团分队长以上15人，县区级以上50人，特务9人，军队将校官84人，尉官177人。肥西、肥东县分别以乡为单位进行登记，初步搞清了国民党党团特内部情况。将国民党、三青团区分部和分队长以上骨干、匪首、特务头子作为打击和管制的重点，其他人员根据罪恶情况、悔罪表现作出不同处理。据肥西县1949年、1950年统计，共管制匪特1291人、反动党团骨干287人、国民党军政人员128人。
四、认真执行党的政策，分化瓦解匪特武装。各地对捕获的匪特分子，都按照“首恶必办，胁从不问，立功受奖”的政策，抓紧审理结案。1949年8月，皖北人民法院依法判处阴谋暴动案主犯史时雨、吴秩五死刑，判处从犯吴学南等有期徒刑，对胁从分子陆加典等则宽大释放，在社会上引起了强烈的反响。9月，皖北行署法院对肥东县捕获的郭子榜等5名匪首处以死刑，有力地打击了匪特的嚣张气焰。一些残匪慑于法律威严，主动投案自首。各级公安机关为了及时打击匪特的破坏活动，抓紧审理匪特积案。1949年秋，肥东在清剿时，不到10天，捕获匪特200余名。这些案犯不了解人民政府处理匪犯的政策，疑虑重重，有的怕坦白后遭同伙报复，不愿据实供认。县公安局对他们集中进行党的剿匪反霸政策教育，使他们认识到坦白自新才是唯一出路，先后有28人主动坦白、检举同伙的罪行，加快了审理案件的进度。3个月时间清理案犯114名。肥西县公安局于1949年10月组织审讯委员会。由县委、县政府主要领导参加，抽调法院、公安局干部，突击审理匪特案件，认真审讯，逐个研究其口供与群众反映材料，并根据其参加匪特动机、罪恶程度及坦白态度等情况，对377名匪特集体讨论作出处理。对其中血债累累，恶迹昭彰，不杀不足以平民愤的匪区长周准吾、匪首韩家友、桂世银等6人，处以极刑；对75名罪行较轻的惯匪，分别判处1～7年有期徒刑；对其他有一般罪行的土匪分别予以管制，取保释放和送原籍处理。会后，一些恶霸分子纷纷向农会悔过自新。群众清匪热潮掀起后，少数地方出现不注意执行政策的偏向，区公安员发现后，及时做工作进行教育制止。如程店区公审自新土匪韩某时，很多群众要求枪毙他，经主持会议的同志召开100多位苦主与干部会议，反复做工作，最后决定对韩宽大处理。事后，土匪郑乾章带着5名土匪携枪投诚。他说：“我们亲眼看到共产党说话算数，亲友都在规劝，再不投降，就是死路一条了。”
五、开展治安联防，加强基层政权建设。军事清剿和群众运动，使匪特惊恐万状，少数匪霸分子四处流窜，寻找“防空洞”。1949年7月，大别山匪特李鸿奎指令联络副官郭逢春到合肥与潜伏匪首张百成密谋，成立匪巢湖行动大队，并委张为大队长。张百成网罗失散旧匪特军政人员40多人，被市公安局发现查获，当场搜出匪特关防、委派令等物。郭闻讯逃遁，市公安局立即与友邻地区公安机关联系，终于将潜伏在六安，肥西等地的主要人犯捕获。
为了巩固革命秩序及配合农村反匪反霸，合肥市于1949年11月成立户口查登委员会，加强户籍管制，积极侦破潜伏城内匪特，集中搜捕逃窜城市的散匪。据不完全统计，1949年1～9月，全市捕获外地潜入匪特164人，外理散兵游勇在原籍420人，其中属肥东、肥西两县流窜到合肥市搞联络、刺探情报和避风的匪特占65％。定远县匪霸谢有国，曾在合肥东乡杀害人命百余，清剿匪特时畏罪潜藏合肥，在户口普查登记中被查获，1950年3月底，南京、合肥统一行动，捕获在市内秘密活动的支队军需主任姚裕民，大队长唐冠群、胡杰、夏琪以及联络员王志才、牛仲全等10余人，还在附近乡村剿灭了该部所属的部分匪特。
肥东县为加强剿匪，自1949年秋开始，先后以区乡为单位建立联防，成立武装工作队，组织“保家队”，打更放哨，发动群众制订防匪公约，开展群众性的报匪、查匪、劝匪自新运动。肥东古城区在半个月内，捕获逃避登记拒不缴出武器的陈华堂、王金桂等5名匪特。该县还有重点地对水陆封锁和乡镇进行管理控制。在白龙厂、王子城、草庙等4区，建立盘查哨，查获10多名逃窜的匪特和部分枪支弹药。联防人员在三汊河发现匪首程玉山乘船潜逃后，及时封锁水路，后程玉山股匪逃窜至东大圩被俘获。同年9月24日，肥西县政府和警二团发布联合训令，命令各营、连、区政府，各区队紧密配合，加强联防，防范匪特混迹，做好剿匪防特工作，以彻底肃清土匪。县公安局针对匪特此剿彼窜，化整为零，依托恶霸地主等封建势力进行各种破坏活动的特点，主动与警二团重新调整布防的17个据点联系，互通情报，平时帮助群众生产劳动，发现匪情，召之即来，使匪特无法逃脱。1950年10月，根据皖北行署公安局的指示，合肥、肥东、肥西三地公安机关及城防部门，联合组成联防治安委员会，加强了这一地区的联防工作，废除保甲制，建立村政权，加强基层民主政权建设。
1949年9月，在皖北行政公署召开首届民政扩大会议后，各地先后抓了改造村政工作，村长、组长(一般以自然村为小组)均由民选产生。肥东县恒新乡将原4个保划为52个行政小组，有104名贫苦农民当选。1950年元月30日，肥西县长军区召开农民代表会，成立区农民协会。会上，代表们开展“五查”，即：查反匪、查反霸、查农民优势、查团结、查政策。该区公安员发动和依靠各村农会和防匪自卫小组，对窝藏土匪，提供匪粮，给土匪通风报信的有关人和事，进行调查摸底，并召开匪属亲友及与土匪有联系人员座谈会，组织自新土匪现身说法，控诉匪首罪恶。会后，有30多人带干粮，把当土匪的儿子、丈夫、兄弟找回来，向政府坦白自新。1950年6月21日，一股残匪窜到长军区王拐岗，被该村防匪自卫小组发现，及时报告公安局和部队进行围歼，击毙匪特团长孙东甫，副团长刘世阔，活捉11人，缴获长枪9支，以及所抢劫的全部财物。