合肥民间采用手工操作方式，加工配制丸散膏丹等药品，其历史可追溯到唐宋时期。明万历年间(1573～1619)，合肥已有中药材市场，药材品种达35种以上，成药也有不少品种。清嘉庆年间(1796～1820)，合肥中药材市场销售的中药和具药用价值的动植物品种，常见的多达120余种。
清咸丰五年(1855)，南京人张松鹤挑一副药担来合肥行医卖药，于清同治四年(1865)在城区开设“元德昌药店”。其后又有南京人陶海仙、芜湖人张春谷等，相继来合肥开设药店，行医卖药。此间开设的药店有“种德堂”、“春和义”、“裕康”、“启元泰”、“刘仁和”等数10家中药店。这些药店多为制药、卖药和行医一体。仅春和义中药店就自熬枇杷膏、参膏、驴皮胶，自制六昧丸、全鹿丸、国公酒、周公百岁酒等，达数10个品种。
由于各药店店主籍贯有本埠和外埠之分，故形成“金斗帮”和“金陵帮”两大帮派。各帮派药店，多数重视药效，讲究信誉，尊崇“修行虽无人见，存心自有天知”的经营之道。春和义中药店自制的“周公百岁酒”，就是以祖传秘方加工制作，远近闻名。合肥人开设的陈四一、兴隆昌药店，老合肥人几乎无人不晓。
1949年合肥解放初期，城区尚有中药店16家，从业人员近70人。另有西药专营店17家，从业人员80余人，资金总额约10余万元。
1954年，合肥“华英”、“永安”、“中西”3家私营药店联营兴办合肥市大众药棉厂，生产医用脱脂棉、纱布等，成为合肥医药工业的第一家生产企业。该厂兴办之初，仅有21名职工，年产值10余万元。
1957年，合肥医药工业进人多门类发展阶段。至1961年，先后建成合肥江淮制药厂、淮河制药厂、安徽省兽医生物药品制造厂、安徽第一制药厂和安徽中药厂等5家制药企业。产品除卫生材料外，有化学药品、生物药品、中成药品和兽用药品，计5大类百余个品种。
1961年后，合肥医药工业企业，历经撤、并、调整，至1965年，医药工业企业，除有卫生材料生产企业外，制药工厂有安徽省兽医生物药品制造厂和合肥制药厂2家。此间，合肥制药厂试产土霉素药品获得成功。由此，合肥制药生产改变了单一加工型生产状况，开始发展抗生素原料药生产。合肥制药厂为当时安徽省唯一能够生产抗生素药品的制药企业。
1966年后，合肥制药企业虽受到“文革”运动的冲击，但新药品的研制和生产仍有很大发展。此间，合肥制药厂试制成功并批量生产“840”、“523—1”驱避剂，用于防治血吸虫病，发挥了很好的作用。此药品还出口越南，是当时援越的重要药品之一。1970年，合肥制药厂试制成功并批量生产灰黄霉素。因此药品质量好、疗效佳，在医药界引起很大反响，故当年召开的全国灰黄霉素同品种交流会址选定在合肥。1972年，合肥制药生产又增加了四环素碱品种。1974年，国家投资2000万元，在合肥建设年产50吨青霉素、13吨钾盐、37吨普卡、1亿瓶药品的生产和分装车间及相应的辅助工程。该投资项目于1974年动工，1980年底竣工投产，填补了合肥市青霉素钾盐药品生产的空白。合肥制药厂亦由此成为国家38个重点化学制药企业之一。
此前，合肥还先后新建合肥利民制药厂、合肥第二制药厂、合肥春风中药厂和安徽肥西制药厂等制药企业。开发生产新品种中成药10余种。其中石斛夜光丸、七○六抗癌膏、垂盆草糖浆等中成药，经临床应用，受到较高评价。
1980年后，合肥医药工业引进新技术，改进生产工艺，提高产品质量，发展系列化药品生产。化学药品有原料药和制剂2大类150多个品种：中成药有治疗、预防、免疫、保健、美容等5个类型90余个品种；兽用医药品有防疫和治疗2大类36个品种。其中有8种药品先后被评为部级和省级优质产品，有11种药品进入国际市场。
1985年底统计，合肥市医药工业计有制药企业11家，其中医用卫生材料、医疗器械生产企业各1家，原料药制造厂1家，西药制剂厂4家，生物兽用药厂1家，中成药制造厂2家，中药饮片厂1家。
1985年，合肥医药行业(上述11家企业数，下同)共有职工0.46万人。其中全民所有制职工占总人数86％，工程技术人员占职工总人人数5.9％。全行业拥有固定资产原值4275余万元，净值3022余万元，各类主要生产设备2547台，动力机械总能力16381千瓦。生产的主要产品有化学药品、中成药、生物兽药、卫生材料等。化学药品以抗生素与发酵型原料药、合成药为主，制剂为辅。具体有片剂、粉针剂、酊水剂、胶囊剂、糖浆剂、软膏剂、眼耳鼻滴剂、乳剂、膜剂、大输液等10多个剂型，300多个规格品种。中成药有丸剂、片剂、酒剂、胶剂、曲剂、糖浆剂、冲剂、散剂、膏滋补剂、茶剂等10多个剂型，136个品种。生物兽药有生物制品、抗生素、大输液、化学水针4大类共42个品种。卫生材料有脱脂药棉、医用精制纱布、医用胶布、非织造布(又称无纺布)，共4大类20多个品种。其中，盐酸土霉素、盐酸四环素、盐酸四味唑、人参再造丸、脑灵素片、百蕊草糖浆、益胆片等10余种药品，出口外销。江淮牌盐酸土霉素、江淮牌盐酸四环素、合药牌石斛夜光丸、兽用猪瘟兔化弱毒乳兔组织冻干疫苗获国家部优产品称号，江淮牌盐酸四味唑、江淮牌麦迪霉素肠溶衣片、合药牌乌鸡调经丸、合药牌百蕊草片、脑灵素片等，被评为省优质产品。此外，土霉素片、去痛片、牛黄解毒片等，先后在全国和全省同类产品质量评比中获第一名。减肥系列产品——轻身降脂乐和天雁减肥茶，获中国人民解放军科技二等奖和合肥市优秀新产品奖。红黄升、轻粉、人工牛黄等产品，获合肥市科技进步一等奖。
1985年，合肥医药工业系统，生产各类药品千余吨，针剂0.3万余支。完成工业总产值7048万元，实现利税801万元，全员劳动生产率2.17万元。