怀宁县处于长江平原区的低山、丘陵、岗地、平原、湖泊亚区。长江东临，大沙河界北，皖河贯穿西南。大别山南麓余脉分两支进入县境：一支由潜山县公盖山进入县境东部，经新安岭、公共岭逶迤于高楼岭处拔地而起，为独秀山(海拔390米)，再向东南延伸，构成以横山(海拔227米)、桑山、花山、黄山(海拔216米)、官山(海拔264米)、金山(海拔433米)、狮山(海拔255米)、俚子尖(海拔253米)、大雄山、百子山(海拔437米)、瘌痢尖(海拔247米)、张斗岭、石镜山、月形山、西马鞍山(海拔169米)、东马鞍山(海拔164米)、犁头尖(海拔295米)、乌秃岭、大龙山、磨山(海拔297米)、寨基山、硖山和泉水山等为主体的浅山地区；另一支由太湖、望江县交界处的香茗山入县境西部，形成以龙王山(海拔213米)、王居山(海拔266米)、腾云山、大塘山脉组成的丘陵地区。因而形成县境东部是群山逶迤的浅山地区，最高峰为大龙山三县尖，海拔697米；中部是岗峦起伏的丘陵地区，一般海拔在30～400米之间；西南部是沿江、沿河圩畈平原区，海拔最低的红星乡、巨网乡只有10～20米左右，东北高于西南，中间高于两侧的地势。其自然区域大致分为三类：
一、浅山地区
分布于县境东部和中部，土地面积43.51万亩，占全县土地总面积的19.5%。区域内辖五横乡、石镜乡全部和月山、凉亭、总铺、温桥、龙泉、江镇、洪镇、山口、万桥、腊树、雷埠等乡部分地区，70个行政村，2.51万户，12.53万人，占总人口的19.8%。
二、岗地丘陵地区
分布于县境中部和西北部，土地面积138.37万亩，占全县土地总面积的62%。区域内辖三祝、秀山、枫林、黄墩、三桥、育儿、金拱、高河、万桥、凉亭、月山、总铺、洪镇、江镇、山口、小市、雷埠、平山、龙泉、温桥、腊树等21乡，198个行政村，7.30万户，33.43万人，占总人口的52.8%。
三、圩畈平原区
分布于沿江、皖河、皖水、珠琉河以南和大沙河以北的平原地区，土地面积41.50万亩，占全县土地总面积的18.5%。区域内地势平坦、低洼，河湖交错，圩洲相间，水乡沃野。有白塘湖、麻塘湖、钵盂湖、七里湖、八里湖、石门湖、三鸦寺湖、芝麻湖等大小湖泊；有皖河沿岸的庆洲、由于长江、皖河冲积而成的广成圩洲地、受江流冲击、四面环水的培文洲、新长洲等洲地，平均海拔在20米以下。区域内辖红星、皖河、大洼、巨网等乡全部和黄龙、三桥、小市、育儿、金拱、高河、洪镇、江镇和石牌镇等乡镇的部分地区，91个行政村，17.32万人，占总人口的27.4%。
怀宁县各乡村所属自然区域情况表