明清之际，潜山县区划，长期稳定在城区5厢、农村4乡，合计44里的设置中。
城区5厢：中厢、东厢、西厢、南厢、北厢。各厢之下，分别设立1图、2图、3图、4图、和5图。旧志载：“周城九里余，背山面湖，城池市廛外，附郭田止数亩”。城区的“厢”，相当于农村的“里”。
农村4乡：玉照乡、清朝(照)乡、潜岳乡、尧年乡。
玉照乡“十三里。由锹荻港至乌石堰，进龙潭、槎水、黄蘖、龙山、黄石、夹竹河、主簿原、舒城界、金紫寨，东下钓鱼寺、沙河、桐城界，至云天高畈、低畈、怀宁界，又转九都珠琳河、长源畈、短源畈，抵县东门为界”，约相当于今日自潘铺、杜埠两乡的西边乡界起，北接皖水之后，上溯到它的东源头，直抵今岳西县主簿区的界岭，东折其时的舒城县界，而后南下其时的桐城县界、怀宁县界，抵于县城东门的大片范围。按现在的潜山县行政区划，包含今黄柏、源潭两个区的全部和余井区的绝大部分(仅除去龙潭乡的皖水以南地区)，以及潘铺全乡和梅城乡的三合村境。
清朝(照)乡“十四里。出西门大路，至桃花铺，转北张陂畈、乌株岭、九山、埭口、五河、闵家山、上河南，交太湖界，又上宝纛河，上青通霍山界岭，转东老鸦岭、华阳殿、马家畈和山庄、查林河、河坪、万涧、天柱山、马家庄、塔庄，至太平山小河，抵城北为界”，大致相当于今日的自县城北门外，沿通向太湖的公路抵太湖县界后，即顺其时县界北上，折东再接其时霍山县界，直至今岳西县主簿区境与玉照相联接处，再沿玉照乡界至太平山下小河的大片范围。此中包含今水吼区全境，野寨乡全乡，及罗汉乡公路以北部分，和黄铺区潜太公路之北的全部乡村。
潜岳乡“六里。由桃花铺向南，西竺寺，通黄泥港、沙圩畈、怀宁界，曲转王家河、石家山嘴、刁家桥、西流嘴、袁家河、鸭池渡、磙子坂、汪家河，抵便南桥为界”，大致相当于今日自利民村西侧机耕路，向南径直过潜水，接河镇乡东北角皖潜村后，即沿其乡界而西，而南，到王河乡界衔接点，再沿王河乡北边乡界向西南延伸到黄泥乡工农村，直抵怀宁县界，接由太湖县界而西，转北，再由潜太公路东折，直抵南门河街的范围。此中包含今利民村西侧小块，以及罗汉、古井、桃铺3乡潜太公路之南的部分，和黄泥乡全镜。
尧年乡“六里。出小南门、夏家桥、周将军庙、雷坛庙、管家桥、清凉寺、周家坦、江家桥、小吏港、铁锁塘、鸭湖洲，至青山渡、上断桥与怀宁界康陂山，至崔家桥、汪钊桥、薛家洲，转古城山，至白水湖、蔡家埠、雷打车、萝卜园抵县城为界”，大致相当于今日自利民西侧机耕路至河镇乡北西两方乡界抵王河乡界后，沿王河乡界向东南延伸到其时的怀宁县界，然后顺县界北上直达县城之南的范围。此中包含今河镇、油坝两乡全境，梅城乡八一村的西、南地区。
乾隆以后，“不知何时”(民国《潜山县志》语)将全县调整为东、南、西、前北、后北5个乡。各乡的范围是：北起今东后冲的华家享堂，南经羊破寨、马鞍寨、长冲、白崖寨、潘家铺、彭家岭等地向县城纵划一线，此线之东的部分为“东乡”；今潜太公路之南和八一村之南，即原潜岳、尧年两乡全境，为“南乡”；今潜太公路之北与潜水之南的全部地域为“西乡”；“东乡”之西，皖、潜二水之间的地域为“前北乡”；“东乡”之西，皖水之北的全部地域为“后北乡”。
清未，全县境地又改划为第一、第二、第三、第四、第五、第六和第七7个区，县城分划在第一区境内。