1968年以后，地区以大队为单位开始兴办合作医疗，并在农村中挑选有一定文化程度的青年担任“赤脚医生”。合作医疗资金由社员个人、生产队、大队“三结合”筹集，农村人口每人每年交给合作医疗室1.5到3.5元。1968年，太湖县开始试办，至1970年全县404个大队全部实行合作医疗。1971年全区办起合作医疗的大队（村）达到3298个，基本普及了合作医疗。同年，岳西县55个公社卫生所，有47个纳入合作医疗，362个大队建立了合作医疗室。1977年东至县共有366个大队实行合作医疗，占全县大队总数的96％。
1980年以后，合作医疗由于管理不善、出现不少弊端而开始解体，于是逐渐推行谁看病谁出钱的办法。到1988年底，全区尚有4324个医疗点，其中村和群众集体兴办的有429个；乡村医生和卫生员联合办的有197个；区、乡卫生院设点的有104个；乡卫生院、乡村医生、卫生员联合办的有225个；个体办的3264个，其他105个。